V zakonu s Heleno sta se mu rodila dva otroka, hčerka Mira (zdravnica) in sin Niko, ki je kot ilegalec padel pod streli Italijanov pred Moderno galerijo leta 1942, star le 19 let. Tragični dogodek je leta 1957 opisal pisatelj Beno Zupančič v romanu Sedmina, po njem pa so leta 1969 posneli tudi istoimenski film v režiji Matjaža Klobčiča. Nika je igral znani igralec Rade Šerbedžija. Na 16. festivalu jugoslovanskega filma Puli leta 1969 je Matjaž Klopčič za Sedmino prejel diplomo »za originalno režijo«.
Po smrti Helene se je leta 1965 poročil z mladostno ljubeznijo Mileno Perušek. Umrl je leta 1971 v Radovljici, kjer je pokopan v družinski grobnici.
Obletnica rojstva Ivana Vurnika je vsako leto praznik Krajevne skupnosti Radovljica, ko z »Vurnikovimi dnevi« v organizaciji Centra arhitekture Slovenije skupaj z občino, Muzejem za arhitekturo in oblikovanje, s Fakulteto za arhitekturo in Akademijo za likovno umetnost in oblikovanje predstavljajo Vurnikovo življenje in delo.
