Ikonografsko se v opusu Marija Preglja pogosto pojavljajo omizja, vse od medvojne internacije naprej, ena najbolj znanih in preučevanih Pregljevih slik s to temo pa je Pompejansko omizje. Med motivi, ki jih je upodabljal vse življenje, sta portret in avtoportret. Prvi portretiranec, ki mu je bil stalno na razpolago kot model, je bil umetnikov oče Ivan. Tudi drugi člani družine so se znašli na njegovih platnih, celotno razvojno pot eksistencialističnega, ekspresivnega slikarstva pa je izrazil s svojimi avtoportreti.
Pomemben lik Pregljevih del je ženska figura. Upodabljal jo je v različnih vlogah – v klasični ženstveni podobi še najmanj, bolj pogosto so to ženske z vsemi svojimi stiskami – garaške perice, žene in matere z otroki – ali pa junaški liki kot simbol ženske moči in požrtvovalnosti.
Fascinirala ga je celotna zgodovina človeštva, zato veliko njegovih del vključuje aluzije na preteklost, predvsem na antiko in starorimske podobe, vključeval pa je tudi biblično in krščansko simboliko.
Strahotne izkušnje v vojnih taboriščih in temačna spoznanja o človeštvu, ki nikakor ne zaživi brez groženj in nasilja, so v Pregljevo ikonografijo naselila izraz bolečine, ki je z leti le še naraščala. Pesnik Dane Zajc je o umetnikovem slikarstvu leta 1979 zapisal: »Marij Pregelj je zapustil svet brez lepote. Stvaritev iz sivine. Iz prelomljenih ploskev. Sivina je kakor megla, ki je ušla iz Dachaua, se razlila čez svet in vsrkala vase preteklost in sedanjost. V njej stojijo njegovi strašni ljudje, ki izgubljajo svoje antropomorfne oblike in privilegije. Odločeni so storiti vsakršno dejanje, dejanje ljubezni in dejanje hudodelstva, saj so pravkar izgubili svoje maske in si bojo vsak trenutek privzeli drugačno obliko. Ker prihajajo iz sivine, lahko vsak čas zginejo vanjo, se spet prikažejo drugačni. Ne poznajo strahu, ker so sami strahovi. Kakor v legendi o Ugetsu se pojavljajo na svojem čolnu-sliki, pogledajo v nas z belimi očmi, pa že zginjajo za novo zaveso megle. Glave so jim polmeseci, četrtinke lubenice, na siv balon narisan obraz. Na ta platna je vdrla sopara iz kotla, kjer se je kuhalo skupinsko kosilo za njegovo generacijo, ki je bila najbolj prizadeta, najbolj razredčena ob padcu evropske civilizacije.«1
1Dane Zajc: Bližine in razdalje med sliko in besedo, Naši razgledi, 1979, št. 1, str. 1
