Leta 1954 je bilo v Tolminu na temeljih predvojne pekarske tradicije ustanovljeno samostojno podjetje Pekarna Tolmin.
Istočasno je začel na Slapu ob Idrijci delovati sodoben mlinski obrat. V Kobaridu je tedaj že deloval družbeni pekarski obrat Pekarna Kuk Kobarid, v Bovcu pa podjetje Pekarna Bovec. Tolminska pekarna se je leta 1962 preselila v izpraznjene prostore nekdanje tolminske mlekarne in se štiri leta kasneje združila z ajdovskim Mlinotestom. Leta 1968 se je Mlinotestu pridružila tudi Pekarna Bovec. Ta je odtlej skrbel za večino upravnih, organizacijskih in finančnih poslov bovške in tolminske pekarne, ki se leta 1976 združita v enotno organizacijo TOZD Pekarna Tolmin. V nov Mlinotestov TOZD je bila istega leta vključena tudi Pekarna Kuk Kobarid, vse tri pekarne pa so še naprej delovale na treh ločenih lokacijah. Leta 1980 je bila ob vojašnici na robu Tolmina zgrajena nova sodobna pekarna, ki je odtlej pokrivala vse potrebe Gornjega Posočja, pekarni v Kobaridu in Bovcu pa sta bili s tem ukinjeni Ob lastninskem preoblikovanju matičnega podjetja Mlinotest leta 2001 je postala tolminska pekarna njeno hčerinsko podjetje M-pekarna Tolmin d.o.o.. Zaradi spremenjenih razmer na trgu pa je delovalo le do leta 2005, potem pa je bila zaradi nerentabilnosti zaprta.
