Kmalu po gradnji dominikanskega samostana so gospodje Ptujski na vzhodnem robu srednjeveškega Ptuja ustanovili še minoritski samostan, ob koncu 14. stoletja pa tudi romarsko cerkev na Ptujski gori. Kot datum ustanovitve samostana se v starejši literaturi pogosto omenja letnica 1239, sedaj pa poznavalci postavljajo gradnjo v čas med letoma 1255 in 1290.
Tako kot dominikanci so tudi minoriti zgradili enoladijsko pridigarsko cerkev z »dolgim korom«. Ladjo je od prezbiterija ločeval mogočen slavolok. Ladja je na južni strani imela obokano kapelo sv. Antona Padovanskega, ob slavoločni steni pa dva baldahinska oltarja. Gotska cerkev je bila poslikana v notranjosti in na južnem pročelju. Danes so ohranjeni le skromni ostanki fresk (smrt sv. Frančiška Asiškega, figure apostolov), ki sodijo med najstarejše primerke gotskega slikarstva na Slovenskem. Od kiparske opreme iz obdobja gotike je ohranjen le kip Marije z detetom iz ok. leta 1300. Na Ptuj so ga pripeljali iz delavnic iz bližine Strassburga ali Freiburga. V baroku je bil ta kip predelan, ob bombardiranju leta 1945 pa hudo poškodovan. Danes je na ogled v Antonovi kapeli minoritske cerkve.
O samostanu v gotski dobi je bolj malo znanega. Obsegal je le vzhodni del sedanjega samostanskega kompleksa. Bil je enonadstropen in še ni zapiral notranjega dvorišča. V 14. in 15. stoletju so samostanu dozidali še južni in del zahodnega trakta. Do začetka 16. stoletja se je samostansko dvorišče zaprlo, sredi stoletja pa je poslopja prizadel požar. Takrat so podrli kapelo sv. Antona Padovanskega in v cerkevni ladji odstranili baldahinska oltarja. Obnovili so tudi samostanska poslopja. Dvorišče so obdali z novim obokanim križnim hodnikom. Sredi dvorišča je bil najkasneje do srede 16. stoletja izkopan vodnjak.
Proti koncu 17. st. je sledila barokizacija samostanskega kompleksa. Minoriti pod vodstvom gvardijana Gašparja Dietla (1644-1704) so cerkev in samostan temeljito obnovili. Samostan so dvignili za eno nadstropje in dozidali samostanska poslopja tako, da so zaprla pravokotno notranje dvorišče (1681-1696). Prezidali in na novo opremili so tudi notranjost samostana.
Cerkvi so prizidali kapelo Antona Padovanskega ter Loretsko kapelo in preuredili njeno notranjščino. Arhitekt Dioniz Merlino iz Lugana, ki je na Ptuju delal med letoma 1688 in 1693, je cerkveno pročelje razčlenil s stebri, kar se je zgodilo prvič na slovenskih tleh. V atiki so stebre zamenjali pilastri, v niše pa so bili postavljeni kipi cerkvenih patronov sv. Petra in Pavla ter Marije Brezmadežne. Do leta 1696 so obnovili tudi vse tri trakte samostana in križni hodnik. Strop letnega refektorija, najodličnejšega samostanskega prostora, so okrasili z bogato štukaturo (delo Antona Quadria in Pietra Bettinija), v vmesnih poljih pa je Franc Rupert Vallauer upodobil Petra in Pavla, patrona ptujskih minoritov, ki jima Frančišek Asiški in Anton Padovanski podeljujeta načrt prenovljenega samostana in cerkve. Vsa druga oprema refektorija, bogato rezljane in okrašene mize ter oljne slike, so se med 2. sv. vojno izgubile. S štukaturami je bil okrašen tudi strop v drugem nadstropju samostana, kjer je od leta 1925 nameščena minoritska knjižnica z ok. 5.000 starimi in dragocenimi knjigami. Najdragocenejša med njimi je Trubarjev Novi testament (1557-1561).
V 18. stoletju so minoriti cerkveno opremo še enkrat obnovili. Mariborski kipar Jožef Straub je leta 1752 izdelal veliki oltar in prižnico, verjetno pa tudi oba stranska oltarja. V atiko glavnega oltarja je namestil gotski kip Marije z detetom iz ok. 1300 in ga v ta namen oklesal ter na novo pobarval – danes je kip skupaj z ostanki baročnih oltarjev shranjen v samostanu.
V nasprotju z dominikanskim samostanom, minoritski v času Jožefinskih reform ni bil ukinjen. Leta 1789 je prevzel faro sv. Ožbalta in postal župnija sv. Petra in Pavla. Ta je v 2. polovici 19. stoletja, v času velikih narodnostnih nasprotij, postala steber ptujskega slovenstva. Leta 1941 so Nemci minorite pregnali in v samostanu uredili sedež Heimatbunda.
Ob zavezniškem bombardiranju januarja 1945 je bila minoritska cerkev, eden najlepših zgodnjegotskih in zgodnjebaročnih spomenikov na Slovenskem skoraj v celoti porušena, ohranil se je le močno poškodovan prezbiterij in nekaj večjih kosov kiparske opreme.
Na mestu porušene cerkve je bila leta 1967 zgrajena pošta, čez dve leti pa se je v drugo nadstropje minoritskega samostana naselil študijski oddelek Ljudske in študijske knjižnice Ptuj in tam ostal do leta 2000, ko se je knjižnica preselila v obnovljen Mali grad. Leta 2001, ko je bila pošta preseljena na novo lokacijo, poštna stavba pa porušena, se je pričela gradnja nove cerkve. Posvečena je bila junija 2011. Od nekdanje minoritske cerkve je danes mogoče videti le leta 1989 obnovljen prezbiterij, ki so mu restavratorji vrnili nekdanjo gotsko podobo.
