Petmesečni upor, v katerem je na njegovem vrhuncu sodelovalo okoli 80.000 članov kmečke zveze, je svoj kruti epilog doživljal že pred samim koncem. Najhujše gorje je prinesel sam pohod plemiške vojske, ki je med prodiranjem nemilostno obračunavala zlasti z voditelji; mnoge so pobili, obesili in nataknili na kole kar na kraju zajetja. Nekatere upornike so usmrtili v Kranju in Gradcu; samo v Gradcu jih je bilo usmrčenih 161, od tega 10 voditeljev in 15 poveljnikov.
Veliko kmetov so strpali v ječe, druge pretepli s šibami, jim zaplenili premoženje, požgali hiše ali kar cele vasi. Ostale so prisilili k plačilu enega goldinarja na hišo, ki je predstavljal nekakšno odkupnino, da hiše niso požgali. Herbersteinova vojska je z ropanjem in požiganjem povzročila takšno škodo, da je ponekod podeželje popolnoma opustelo in obubožalo.
Po umiritvi razmer so kmetom določili finančne kazni. Odtlej so morali vsako leto plačevati še poseben »puntarski pfenig«, hkrati pa s tlako povrniti fevdalcem nastalo škodo. Zatrtje množičnega kmečkega upora je prineslo še hujše izkoriščanje podložnikov, kot je vladalo pred njim. Samo na Koroškem so si podložniki zagotovili določeno ugodnost. Plemiči so morali privoliti, da se bodo spori med kmeti in zemljiškimi gospodi v bodoče reševali ob prisotnosti kmečkih predstavnikov pred rednim deželnim sodiščem za fevdalce in ne več pred patrimonialnim sodiščem zemljiškega gospoda.
