Levstik je kot pripovednik ustvarjal krajše pripovedne oblike. Leta 1858 je v Slovenskem glasniku, listu za literaturo in umetnost, objavil dve pomembnejši deli, pripoved Martin Krpan z Vrha in slovstveni potopis Popotovanje iz Litije do Čateža.
Martin Krpan z Verha je umetna pripovedka o ljudskem silaku Krpanu, sicer preprostem kmečkem človeku, ki je na Dunaju pokončal Brdavsa. Snov zanjo je črpal iz ljudskega pripovedovanja in preteklosti. Že kar ponarodela pripoved je leta 1917 prvič izšla samostojno, z ilustracijami karikaturista Hinka Smrekarja, in velja za prvo slovensko slikanico. Pripovedka o Martinu Krpanu še danes predstavlja svojevrsten izziv med slovenskimi ilustratorji. Med bralci je najbolj priljubljena izdaja z ilustracijami Toneta Kralja iz leta 1954, ki je doživela številne ponatise. Zgodba o Martinu Krpanu ima tudi nadaljevanje, ki pa ga Levstik ni objavil. Ohranjeno je v pisateljevi zapuščini.
Potopis Popotovanje iz Litije do Čateža je pomemben zlasti zaradi slovstvenega programa, kjer pravi, da mora ravno književnost narodno prebujati in slovstveno vzgajati. Levstik je literarni program spretno vpletel v opisovanje poti med Litijo in Čatežem. Sam je to pot od litijske železniške postaje po dolenjski pokrajini prehodil, ko je služboval kot domači učitelj na gradu Turn pri Moravčah. Kot vesten potopisec je zapisal vse, kar je spotoma zanimivega videl in slišal, od poti in pokrajine do šeg, pripovedovanja in verovanja kmečkega človeka. Danes je po tej poti urejen znameniti Levstikov pohod, ki se ga vsako leto udeleži nepregledna množica ljudi.
Med pomembnejšimi Levstikovimi pripovednimi deli sta še Ponočne misli slovenskega prvaka iz leta 1868 in satira Doktor Bežanec v Tožbanji vasi iz leta 1870. V osnutku pa je ostala zanimiva pripoved Deseti brat, ki je deloma avtobiografska, sloni pa na tedaj aktualni podobi nepotrebnega in nesrečnega človeka.
Napisal je tudi nekaj pravljic in pripovedk za otroke, v glavnem pa prirejal in prevajal slovanske ljudske motive. Njegova mladinska proza je precej manj izrazna kot poezija. Nekaj pravljic je mnogo kasneje izšlo kot samostojna slikanica, med njimi najbolj znana Kdo je napravil Vidku srajčico?
