Sodeloval je pri mnogih prosvetnih in znanstvenih društvih.
Pri Slovenski matici je najprej sodeloval v oddelku za izdajanje šolskih knjig, leta 1875 je bil izvoljen za drugega podpredsednika in se je v odsekih in na sejah živo udeleževal dela. Na njegovo spodbudo so zbirali slovenska krajevna imena in tako ustvarjali geografski imenik.
Med letoma 1875 in 1876 je bil urednik Letopisa Matice Slovenske.
Leta 1899 je postal dopisni član Jugoslovenske akademije v Zagrebu, 1922 pa je bil odlikovan z redom sv. Save tretje stopnje. Ko se je v Ljubljani ustanovilo Znanstveno društvo za humanistične vede, je Pleteršnika sprejelo kot prvega člana.
