Po vrnitvi v Bilbao je uspešnega kemika čakalo presenečenje. Tast se je odločil podjetje prepustiti ravno Viljemu, saj je zaupal njegovim sposobnostim, kar se je pokazalo za dobro odločitev, saj je imela firma odlične poslovne rezultate.
Z novim statusom generalnega direktorja pa so se Wakoniggu odprla tudi diplomatska vrata, saj je postal tudi konzul Avstro-Ogrske z glavno nalogo spodbujanja gospodarske izmenjave med Španijo in Avstro-Ogrsko vse do konca monarhije leta 1918, tako da se je po prvi svetovni vojni posvetil izključno vodenju velikega podjetja.
V zakonu z Eliso se je rodilo sedem hčera in dva sinova, ki nadaljujejo rod v Španiji.
Prek svoje žene je dobil dostop do vodilnih krogov v mestu, zastopal je več nemških rudarskih in vojaških podjetij v regiji, med drugim Gelsenkirchener Bergwerks-AG. Junija 1914 je bil imenovan za nadomestnega konzula v Bilbau, januarja 1916 pa za častnega konzula. 19. 9. 1919 je Avstrija zaprla svoj konzulat v Bilbau. Wakonigg pa je še naprej zbiral informacije, kot vohun. Po mnenju zaveznikov je bil glavni vohun Nemcev po celotnem severnem delu Iberskega polotoka.
Po koncu vojne je imel tesne odnose s habsburško hišo. Sodeloval je v zbiralni kampanji za nakup palače Uribarren za nekdanjo cesarico Zito Borboi Parma, ki je v Lekeitio prispela 1922, ko so jo izgnali. Kljub ukinitvi avstrijskega konzulata v Bilbau jeseni 1919, je še naprej deloval kot uradni avstrijski predstavnik.
