Dr. Mihajlo Rostohar je za obsežno znanstveno delo prejel mnoga priznanja, med drugim posebno spomenico Univerze v Brnu ob 80-letnici (1958) in red zaslug za narod I. reda (1960).
Na njegovo delo in dosežke opozarjajo tudi doprsni kip na Oddelku za psihologijo Filozofske fakultete Univerze v Ljubljani (postavljen 1967), doprsni kip v Gaju zaslužnih meščanov v Krškem (1976), doprsni kip pred Univerzo v Ljubljani (postavljen ob 70-letnici Univerze 1989) in poimenovanje šole v Krškem.