Čeprav je bil Rutar predvsem zgodovinar, je znaten del svojih raziskovanj posvetil tudi geografiji in mnoga njegova dela obravnavajo tudi geografske teme.
Že v svoji prvi knjigi, Zgodovina Tolminskega, 1882, je posebno poglavje posvetil prirodoznanskemu opisu. Na dobrih petdesetih straneh je opisal gore in gorovja, doline in vode, geološko sestavo tal in nadmorske višine vasi in naselij.
Pri Slovenski Matici so potem v zbirki Slovenska zemlja, Opis slovenskih pokrajin, izšla še tri njegova temeljna dela, zasnovana na podoben način, vedno s poglavjem iz geografije.
Poknežena grofija Goriška in Gradiščanska je izšla v dveh delih; prvi del iz leta 1892 je naravoslovni. Rutar v uvodu poda lego, velikost in mejne sosednje dežele, sledi opis zemeljske sestave in površja, opiše gorovje in vode, podnebje ter živalstvo in rastlinstvo. V nadaljevanju poda podatke o upravni ureditvi, prebivalstvu, večjih krajih ter o kmetijstvu in gospodarstvu.
Nekaj let kasneje je zasnoval in objavil Samosvoje mesto Trst in mejna grofija Istra, ravno tako v dveh delih (1896, 1897).
Beneška Slovenija : prirodoznanski in zgodovinski opis je izšla leta 1899; prvi del je zemljepisni, drugi zgodovinski, oba pa sta približno enako obsežna. Čeprav je Rutar obiskal Čedad in Špeter, se je pri pisanju knjige naslanjal na literaturo, predvsem pa podatke in informacije, ki mu jih je na njegove prošnje pošiljal Ivan Trinko (in tudi drugi).
Za šolske potrebe je po nemški predlogi priredil učbenik Zemljepis za spodnje in srednje razrede srednjih šol, vendar učbenik ni bil potrjen, ker je Rutar tuja krajevna imena pisal fonetično in jih ni želel popraviti. Le nekaj redkih izvodov je ohranjenih z letnico 1896. Odobrena različica je izšla tri leta pozneje s popravljenimi imeni in brez navedbe Rutarja kot avtorja. Popravke je opravil Viktor Bežek. Podobni sta tudi usodi stenskega zemljevida in atlasa za ljudske šole. Oba je Rutar leta 1896 priredil (po Vinzenzu Haardtu von Hartenthurnu) in sprva ni hotel spremeniti fonetičnega zapisa krajevnih imen. Zemljepisni atlas za ljudske šole s slovenskim učnim jezikom je izšel dve leti kasneje, ko sta ga skupaj predelala Rutar in Fran Orožen.
