Široka razgledanost na področju etnologije in poznavanje neevropskih kultur so Štefko Cobelj po upokojitvi leta 1980 pripeljali v Somalijo, kjer je na podlagi sporazuma o kulturnem sodelovanju med Jugoslavijo in Somalijo postala svetovalka za muzejstvo.
V Mogadišu je delovala od novembra 1980 do julija 1981, od septembra 1981 do aprila 1982 in od septembra 1986 do maja 1987. V prvem delu svojega bivanja se je ukvarjala predvsem s programom razvoja nacionalnega muzeja, njena glavna naloga pa je bila pripraviti vse elemente za formiranje muzeja revolucije, vključno s projektom nove zgradbe. Ob svojem drugem obisku je sodelovala pri postavitvi stalnih zbirk v novi zgradbi nacionalnega muzeja v Mogadišu, ki je bil odprt leta 1987. V severni provinci Somalije, v mestu Hargeysi, je leta 1982 postavila muzej z zbirkami s področja etnologije in kulturne zgodovine.
