Prva znana listina z imenom Moschznik, danes Mošenik, je datirana 22. junija 1335. Listina se nahaja v arhivu oglejskega patriarhata (ASU, Fondo Patriarchato, navedeno v SHT). Leta 1347 so ime kraja zapisali kot Moschtzenik. Leta 1349 se kraj imenuje Moeshcnik.
Kamniški sodnik Marko je dal za hčer Anko klarisam v Mekinjah tri kmetije v Mošeniku: … ze Moschnik in der pharren ze Morawcz …, na katerih so bili kmetje Juri, Majnhart in Jane »Newrilicz« (Stražar, 1979, str. 93). Znane so še naslednje oblike imena: Mosenich (1357), Moessenik (1374), Moschnik (1386), Mosschanichk (1392), Mossenig (1405), Mochssenik (1408), Moschenikch, Moschenikh (1429) in Moschenikg (1444).
Zanimiv je izvor imena Mošenik. Nastalo naj bi iz osnove most (Bezlaj, 1956, str. 35). Stražar to mnenje dopolnjuje z ljudsko etimologijo, ki pravi, da je bilo na tem prostoru najprej jezero, po katerem je vozil brod. Na to spominjajo hišna imena Brodar, v Brodeh, Brodovsk. Pri Mektajnarjevem mlinu naj bi jez prekopali, da je voda odtekla, v Mošeniku pa so postavili most (Stražar, 1979, str. 93, po pripovedi Franca Rotarja). Tudi Snoj razlaga krajevno ime Moše iz osnove most, torej prebivalce ob mostu. (Snoj, 2009, str. 272). Iz te osnove naj bi bilo izpeljano tudi ime Mošenik.
Mošeniku pripadata tudi zaselka Hudej in Spašnik. Stražar je zapisal, da je prvi dobil ime po revnem ali suhem svetu, drugi pa po pašniku (Stražar, 1979, str. 93). Hudej je bil do leta 1953 naselje, nato pa preimenovan v zaselek Mošenika. Imena Spašnik ne najdemo v sedanjih evidencah, v leksikonu iz leta 1906 pa je ime Spašnik zapisano kot naselje v katastrski občini Peče (Leksikon občin kraljestev in dežel zastopanih v državnem zboru, Dunaj: Cesarsko – kraljevska centralna statistična komisija, str. 21).
