Po odprtju bohinjske železniške proge je bil Bohinj znan kot eden izmed najbolj perspektivnih turističnih krajev v habsburški monarhiji. Povečano število gostov je zahtevalo vedno več prenočitvenih zmogljivosti. V prvem desetletju 20. stoletja se je povečala zlasti potreba po gradnji hotelov ob obali Bohinjskega jezera. Jože Rauhekar, eden izmed najvidnejših turističnih delavcev v Bohinju, je leta 1906 v Ukancu zgradil prvi hotel Zlatorog, ki je bil takrat še lesen.
Prvotni hotel Zlatorog je bil dobro obiskan, saj so Bohinj v poletnih mesecih priporočali kot naravno klimatsko zdravilišče z milim podnebjem in čistim zrakom. S tem namenom je leta 1908 Jože Rauhekar zgradil večji, tokrat zidani hotel na drugi strani ceste. Zaradi finančnih težav je Rauhekar moral hotel prodati. Leta 1912 ga je na javni dražbi kupilo Slovensko planinsko društvo (SPD). V njem so hoteli urediti izhodišče za gorske ture v Triglavsko in Bohinjsko pogorje. Z vstopom Italije v prvo svetovno vojno maja 1915 pa je turizem na Kranjskem povsem zamrl. V vojnem času je hotel Zlatorog postal vojaški objekt: po italijanski vojni napovedi so bili v njem nastanjeni avstro-ogrski častniki, kasneje pa so v njem uredili okrevališče za lažje ranjence in bolnike.
Po končani prvi svetovni vojni je bila prva naloga SPD, da v Zlatorogu poskrbi za nakup nove opreme. Do začetka druge svetovne vojne so hotel Zlatorog največ obiskovali Čehi, Avstrijci, Nemci in Italijani. Leta 1938 je hotel doživel celovito prenovo. Starega so podrli in zgradili novega v dveh nadstropjih. V nadaljnji razvoj turizma v Bohinju je posegla druga svetovna vojna in hotel je vsaj dvakrat menjal lastnike. Po osvoboditvi Bohinja poleti 1944 je prešel v partizanske roke. V njem je 13. novembra 1944 potekalo zborovanje aktivistov jeseniškega okrožja. Poleti 1945 so v njem prebivali brigadirji iz Ljubljane, udeleženci mladinske delovne akcije, v okviru katere so nad grabnom Ukanške Suhe sekali bukve. Kasneje si ga je SPD sicer prizadevalo zopet odpreti za goste, toda neuspešno.
V drugi polovici 20. stoletja je turistični obisk Bohinja začel ponovno postopoma naraščati. Hotel Zlatorog je bil del družbene lastnine, deloval je v okviru Gostinskega podjetja Zlatorog. Zlatorog je bil dobro zaseden poleti, problem pa so predstavljali zimski meseci. Neustrezna je bila tudi dodatna infrastruktura: ni bilo namreč primernega kopališča in trgovin, kar je predstavljalo težave z oskrbo, tudi čolnarna je bila v slabem stanju. Konec sedemdesetih let 20. stoletja so zato začeli razmišljati o združitvi med Gostinskim podjetjem Zlatorog in Združenim turistično-gostinskim in prometnim podjetjem Transturist. Združitev je pomenila tudi nova vlaganja v hotel. Leta 1977 je potekala njegova adaptacija, s čimer je Bohinj dobil prvi pokriti plavalni bazen. Kasneje je hotel Zlatorog prišel pod upravljanje družbe Alpinum d. d., katere lastnik je bila družba Alpe Adria Turizem. Ta je zopet obljubljala obnovo hotela, a projekt ni bil uspešen, agencija Alpinum je bila ukinjena.
Leta 2002 je hotel Zlatorog od države kupil Zmago Pačnik. Lastnik v objekt ni veliko vlagal. Čeprav je bil hotel nekaj let še dobro zaseden, je na splošno prevladovalo mnenje, da je zastarel in potreben temeljite prenove. Leta 2019 je hotel Zlatorog kupil Damian Merlak, ki namerava na njegovem mestu zgraditi sodoben butični hotel za najbolj zahtevne goste Bohinja.
