Šorlijeva družina je ves čas podpirala partizansko gibanje. Njihova domačija, poznana kot Šorlijev mlin, je od leta 1941 do 1944 služila kot skrivno zbirališče aktivistov Osvobodilne fronte.
Marca 1944 se je zaradi izdaje tu odvil tragičen spopad z Gestapom, v katerem so bili ubiti trije partizani. Člane družine Šorli so zaprli in odvedli v taborišča, Marjan pa je po srečnem naključju zadnjo noč pred odhodom v partizane preživel doma pri svoji ženi in otroku.
Črtomir Zorec je ob Šorlijevi smrti v spominsko besedilo v Glasu zapisal, da »je bil edini slovenski arhitekt, ki je videl goreti svoj dom – Šorlijev mlin – ki ga je zažgal okupator.« (Zorec, Črtomir: Vejica akantusa na arhitektovo gomilo, Glas, 19. 9. 1975, str. 5)
