Ob koncu se velja dotakniti še ene dejavnosti, ki je razen politike in gospodarstva izpopolnjevala svet te renesančno radožive osebnosti – alkimije. Če seveda ne prej, je Barbara v ta svet stopila, ko je v posest in upravljanje po letu 1424 prejela obsežna rudarska območja na osrednjem Slovaškem.
Na tem območju rude niso samo kopali, ampak tudi predelovali za potrebe kovnice. Ohranil se je zapis sodobnika, ki je Barbaro obiskal v njeni alkimistični delavnici; to je bil češki alkimist Johann von Laaz. Deloval je v Italiji, kjer se je ukvarjal s takrat najljubšim ciljem alkimistov – z izdelavo zlata in s transmutacijami kovin. Pri tem početju ni bil uspešen, zato so ga pregnali in na svojih potovanjih po Evropi je obiskal tudi alkimistično delavnico Barbare Celjske v Samoboru . V njegovi navzočnosti naj bi Barbara izvedla nekatere poskuse, ki jih je potem Laaz opisal v delu Via universalis: »Potem, ko sem z raznih strani izvedel, da se soproga blagopokojnega cesarja Sigismunda ukvarja s prirodoslovnimi znanostmi, sem jo obiskal in jo malce povprašal o umetnosti alkimije. Odgovarjala je z žensko zvitostjo. Pred mojimi očmi je vzela živo srebro, arzen in druge snovi, ki jim ni povedala imena, čeprav jih je poznala. Naredila je prašek, od katerega je baker dobil belo barvo. Prestal je preizkus s gladilcem, obdelave s kladivom pa ni prenesel. Na ta način je prevarala številne ljudi.«
Poskus pretvorbe bakra v srebro je bil znana tema alkimistične literature; gre za legiranje bakra z živim srebrom in arzenom, pri čemer dobi legura lepo srebrno barvo. In nadaljuje: »Prav tako sem pri njej videl, da je razžarjeni baker posula s praškom, ki se je vpil in baker se je obarval kot čisto srebro. Če si ga raztopil, je ponovno postal baker, kot je bil poprej. In še več takšnih lažnih umetnosti mi je pokazala. … Drugič je vzela Crocus Martis, bakreno apno (apno) in druge praške, jih pomešala in s tem cementirala enake dele zlata in srebra. Kovina je nato zunaj in znotraj pridobila videz čistega zlata, ko pa se je raztopila, je ponovno izgubila barvo. Na ta način je prevarala številne trgovce.«
V prvem primeru je Barbara izvedla »beljenje« bakra, pri čemer je rdeči arzenov sulfid in arzen (strupeno moko, arzenov trioksid) dodala v raztopljeni baker. V drugem poskusu je uporabila železni oksidul in bakrov oksid, pri čemer se je zlato izločilo oz. ločilo od srebra. Kovine in kovinski oksidi so se segrevali v posebni sredini – cementu. Običajno je bila to zmes soli in galice. Takšno zlato je bilo čistejše od naravnega.
Laaz je nato svojo pripoved zaključil in sicer naj bi Barbari, ko je videl njene laži in prevare, to očital. Hotela ga je vreči v temnico in komaj je uspel pobegniti.
Njegovim obtožbam ne moremo pripisati velike teže, saj je bil pisec sam znan kot prevarant.
