Fond kapucinske knjižnice Krško danes obsega 1487 fizičnih enot, vendar je bila knjižnična zbirka v preteklosti obsežnejša. Skozi zgodovino se je mnogo knjig izgubilo oz. tako ali drugače odtujilo.
V kroniki samostana je kot ”opomin za vse večne čase” zabeležena nepojmljiva prodaja dveh izvodov originalne Dalmatinove Biblije (1584), in sicer leta 1929 zaradi gmotne stiske samostana. Danes se en izvod omenjene Biblije nahaja v Posavskem muzeju Brežice, drugi pa v Knjižnici Mirana Jarca Novo mesto.
Inkunabule, prvotiske do leta 1500, iz krške kapucinske knjižnice danes hranita Posavski muzej Brežice in NUK. Pred drugo svetovno vojno naj bi bila knjižnica bogata tudi za nekaj pergamentnih kodeksov.
Kljub omenjenim izgubam knjižnica premore številne knjižne posebnosti, knjižne zaklade.
