Konec 70. let 20. stoletja so se po novici, da nameravajo kapucini zapreti samostan v Krškem, pričele s strani Valvasorjeve knjižnice in čitalnice Krško, Skupščine občine Krško in Kulturne skupnosti Krško številne aktivnosti in usklajevanja predvsem s Provincialatom slovenskih kapucinov za dosego dogovora. 3. septembra 1980 so podpisali Sporazum o soupravljanju kapucinske knjižnice med Slovensko kapucinsko provinco in Skupščino občine Krško, s katerim je bilo določeno, da lastnik knjižnice ostaja Slovenska kapucinska provinca, Valvasorjeva knjižnica in čitalnica Krško pa postane upravljavka knjižnice.
Celoten projekt obnove samostana, vključno z restavriranjem in konserviranjem umetniških slik in ponovno ureditvijo kapucinske knjižnice, je zahteval vključitev in sodelovanje številnih strokovnjakov. Že decembra 1979 je Valvasorjeva knjižnica in čitalnica Krško zaprosila prof. Jara Dolarja, književnika in bibliotekarja, za strokovno obdelavo in restavriranje knjižnice ter dr. Ivana Sedeja, etnologa, umetnostnega zgodovinarja in likovnega kritika, za napotke glede obnove fasade samostana, obnove prostora za stalno razstavo baročnih slik v samostanu, okvirni popis umetnin samostana ter seznam del za restavriranje. Prof. Jaro Dolar je že po prvem obisku kapucinske knjižnice februarja 1980 pripravil prvo poročilo. V tem letu je bila po katalogih iz let 1695 in 1755 narejena primerjava 110-ih knjig, označeno je bilo manjkajoče gradivo in za urejeni del izdelana inventarna knjiga in abecedni imenski katalog. Sprva je pri urejanju gradiva pomagala knjižničarka Ljudmila Šribar, kasneje p. Metod, Stanko Jeršin, gvardijan krškega samostana. Knjižno gradivo je bilo v celoti pregledano, izločene in odpeljane so bile knjige drugih samostanov, gradivo natisnjeno po letu 1800 je bilo po obnovitvi samostanskih prostorov prestavljeno v t. i. novo samostansko knjižnico.
V letih 1980—1983 je prof. Viktor Povše restavriral in konserviral poškodovane samostanske slike. 18. junija 1982 je potekala prva predstavitev umetniških slik iz zbirke kapucinskega samostana, 17. junija 1983 pa je potekala svečana otvoritev obnovljenih slik v galeriji Kapucinskega samostana Krško.
Leta 1983 je bila izdana brošura Kapucinska knjižnica in galerijska zbirka Krško: kulturni zakladi naše preteklosti, v kateri sta prof. Jaro Dolar in dr. Emilijan Cevc predstavila knjižnično in galerijsko zbirko.
Obnova kapucinske knjižnice je potekala v letu 1984 in je obsegala številna gradbena dela (zidarska, pleskarska in mizarska dela, ureditev potrebnih instalacij ter restavriranje klasicistične knjižnične opreme) ter dokončno ureditev knjižnega fonda. 15. junija 1984 so slovesno odprli knjižnico in ob tej priložnosti pripravili razstavo ob 400-letnici izida Dalmatinove Biblije, na kateri je bila razstavljena originalna Dalmatinova Biblija iz Posavskega muzeja Brežice, nekoč last kapucinskega samostana Krško.
20. junija 1986 so javnosti slovesno predstavili plastike starih mojstrov iz samostana in okolice.
V letih 1986-1988 je potekala gradbena obnova samostana pod vodstvom Gradbenega odbora.
17. junija 1988 je bila svečano odprta Valvasorjeva knjižnica in čitalnica v prenovljenih prostorih samostana.
