Leta 1955 je pomagala ustanoviti Vzgojno posvetovalnico, pozneje Svetovalni center za otroke, mladostnike in starše v Ljubljani. Tu je delovala kot svetovalka in direktorica vse do prezgodnje smrti leta 1968.
Vzgojna posvetovalnica v Ljubljani (prvotno ime) je nastala je na pobudo peščice ljudi, ki so boleče občutili velike probleme staršev, šol in družbe v povojnem času. Šlo je tako za duševne stiske kot delinkvenco, za šolske neuspehe in beg čez mejo. Sprva je imela samo dva uslužbenca – to sta bila psiholog Marjan Matko in pedagoška svetovalka Helena Puhar. Matko je bil tudi ravnatelj, leta 1959 pa ga je nasledila Helena Puhar. Osnovna dejavnost je bila ambulantno delo. Naloge ustanove so bile:
1. specialistično diagnostično, terapevtsko, korektivno in svetovalno delo z otroki, mladostniki in starši,
2. razvijanje preventivnih, diagnostičnih in terapevtskih modelov,
3. usposabljanje strokovnjakov, razvijanje strokovnega znanja, raziskovanje,
4. prenos strokovnega znanja na vse, ki lahko prispevajo k zdravemu razvoju otrok (starši, skrbniki, učitelji, vzgojitelji, zdravstveni delavci),
5. ozaveščanje javnosti o pojavih in procesih, ki zavirajo ali spodbujajo razvoj in dobrobit otrok.
V pol stoletja (1955–2005) je v tej ustanovi iskalo pomoč 38.000 otrok.
(po zapisu Alenke Puhar).
V svetovalnem centru se je uveljavila kot razumevajoča in zavzeta svetovalka ljudem v stiski. Nikoli ni pristajala na odklonilni odnos do drugačnosti in se je aktivno zavzemala za enakovreden odnos do manj nadarjenih, zanemarjenih, vedenjsko problematičnih in motenih otrok. Spodbujala je čim tesnejše sodelovanje med starši, šolo in vzgojno posvetovalnico. Tak pristop je vsakodnevno izvajala tudi sama, v praksi, saj je kot svetovalka spoznala tisoče človeških značajev in usod.
»Opazila in čutila je, kolikokrat so zavračali in zaničevali odklonjene in motene otroke, manj nadarjene, čustveno zbegane ali vedenjsko in vzgojno zanemarjene in iztirjene« (Slavica Pavlič: Sto znamenitih osebnosti v šolstvu, str. 230).
Izjemno pomembno je bilo njeno svetovanje staršem. Njeno poznavalsko razsodnost, s katero je pomagala številnim družinam, lahko razpoznamo v njenih knjigah, ki jih brez arhaičnih občutkov lahko beremo še danes. »Lahko rečem, da je bila umetnik svojega poklica«, je v spremni besedi knjige Vzgoja za današnji čas zapisal pedagog Zoran Jelenc.
