Levstik se je ves čas ukvarjal z jezikovnimi vprašanji. Pri tem so teoretska osnova vseh njegovih jezikoslovnih razprav Kopitarjeva, Miklošičeva in Karadžićeva stališča.
Že v zgodnejši dobi njegovega delovanja, leta 1858, je nastal pomemben jezikoslovno kritičen spis z naslovom Napake slovenskega pisanja. V njem se je zavzel za pisanje v duhu slovanskega jezika in pozival rojake, naj se osvobodijo nemškega vpliva. Obsodil je tedanji literarni jezik, zahteval od pisateljev, naj preučujejo ljudstvo in njegov govor ter ga prenesejo v knjigo, ki naj raste pod vplivom objektivne kritike.
Veliko je tudi prevajal in ves čas vestno bdel nad čistostjo slovenskega jezika. Z jezikovnimi nasveti je pomagal številnim sodobnikom, med njimi je na primer veliko sodeloval z Josipom Jurčičem. Zlasti v Ljubljanskem zvonu je objavil več jezikoslovnih razprav in kritičnih spisov, kasneje tudi vrsto etimoloških spisov. Leta 1866 je v nemškem jeziku izšla njegova slovnica Die slovenische Sprache nach ihren Redetheilen.
Ukvarjal se je tudi s slovarskim delom. Za nastanek slovensko-nemškega slovarja je Janez Zlatoust Pogačar kot predsednik slovarskega odbora Levstika izbral za urednika in mu zaupal pripravljalno gradivo. S Pogačarjem, ki je bil sicer Levstikov velik zagovornik, sta se poznala še iz dijaških let. Levstik se je dela lotil z veliko vnemo, a ga kasneje ni uspel dokončati. Za njim ga je prevzel jezikoslovec Maks Pleteršnik. Slovar, ki je izšel v dveh delih, leta 1894 in leta 1895, je danes znan kot Pleteršnikov slovar.
V zadnjem obdobju je Levstik skrbel za jezik in slog Vrtca, dolgo časa edinega slovenskega lista za mladino. Zanj je jezikovno priredil veliko člankov, povesti in pesmi.
