Leta 1920 je Matija Murko postal prvi profesor južnoslovanskih jezikov in književnosti na novoustanovljeni katedri za južnoslovansko filologijo na Filozofski fakulteti Karlove univerze v Pragi. Tu je deloval do upokojitve (1931) ter pomembno prispeval k oblikovanju in reorganizaciji slavističnega študija. Po njegovi zaslugi se je praška slavistika uveljavila kot sodobna znanstvena disciplina z mednarodnim ugledom.
Leta 1922 je pomagal ustanoviti Slávio, osrednjo revijo za slovansko filologijo. Kot njen urednik je k sodelovanju pritegnil znanstvenike in slaviste iz vse Evrope. Leta 1927 je objavil obsežno razpravo o kulturnem pomenu reformacije in protireformacije za duhovno življenje južnih Slovanov (Die Bedeutung der Reformation und Gegenreformation für das geistige Leben der Südslaven), 1929 pa organiziral in vodil prvi kongres slovanskih filologov. Leta 1928 je postal član, 1932 pa predsednik uglednega praškega Slovanskega inštituta (Slovanský ústav), ustanovljenega za razvijanje znanstvenih in kulturnih stikov z drugimi slovanskimi narodi. Pod njegovim vodstvom (1932‒1941) je inštitut postal pomembna znanstvena ustanova in središče slavističnega študija.
V obdobju med obema vojnama se je Murko ponovno intenzivno posvetil raziskovanju južnoslovanske ljudske epike – njenemu nastanku, razvoju in razširjenosti. Med letoma 1924 in 1932 je potoval po Dalmaciji, Bosni, Hercegovini, Srbiji, Črni gori, Metohiji ter novopazarskem Sandžaku. Na terenu je zbiral ljudske epske pesmi, intervjuval, snemal pevce s fonografom, fotografiral kulturnozgodovinske spomenike, o katerih govorijo pesmi, ter okolje, v katerih jih pevci pojejo. Del svojih ugotovitev je predstavil na predavanjih na pariški Sorboni (1928) in v publikaciji La Poésie populaire épique en Yougoslavie au début du XXe siècle (1929), nazadnje pa jih je zaokrožil v obsežni študiji Tragom srpsko-hrvatske narodne epike: putovanja u godinama 1930 do 1932 (Zagreb, 1951). Z delom na področju južnoslovanske etnografije je postal vodilni znanstvenik na tem polju, njegovi izsledki in raziskovalne metode pa temelj za nadaljnja tovrstna dela v mednarodni znanstveni skupnosti.
