V Solkanu je po Plenčiču imenovan trg (pred tem Trg sv. Štefana), 24. septembra 1967 pa so na steno hiše, kjer naj bi nekoč stala Plenčičeva rojstna hiša, namestili spominsko tablo. V Izoli je ulica z njegovim imenom.
Približno desetletje, med letoma 1961 in 1972, se je po njem imenovala tudi današnja novogoriška zdravstvena šola – vpeljali so štiriletni program z imenom Šola za zdravstvene delavce II. stopnje Antona Marka Plenčiča Šempeter pri Gorici.
Slovensko mikrobiološko društvo kot svoje najvišje priznanje podeljuje Plenčičevo odličje za življenjsko delo na področju mikrobiologije. Prvič so ga podelili leta 1996.
