Komenda je cerkveno središče s stalnimi duhovniki vsaj od sredine 12. stoletja, ko se v darovnici vetrinjskemu samostanu iz 40. ali 50. let 12. stoletja omenja duhovnik Altvin (Altwinus de sancto Petro). Altvin je tu deloval najmanj do leta 1163, ko se med pričami v listini oglejskega patriarha Ulrika II. (patriarh v letih 1161—1181) že omenja njegov naslednik Ulrik (Olrico S. Petri).
Od leta 1256 dalje je bila Komenda središče redovne posesti Malteškega viteškega reda, ki je imel tudi pravico do imenovanja komendskih župnikov.
Prvotna župnijska cerkev naj bi stala na mestu sedanjega pokopališča. Nanjo morda spominja gotsko znamenje iz leta 1510. France Stele sicer omenja tudi ljudsko izročilo, po katerem naj bi prvotna župnijska cerkev stala na Grobljah blizu Žej (Stele, 357).
Predhodnico današnje župnijske cerkve je leta 1510 postavil komendator iz rodbine Latern de Schalis. Gotska zgradba je stala na mestu sedanje cerkve, zaradi turške nevarnosti je bila obdana z močnim obzidjem, za katerega so se lahko zatekli. Turški vpadi so bili resna grožnja osrednjeslovenskim deželam vse od prvih let 15. stoletja pa vse do zmage nad Turki v bitki pri Sisku (1593). Zunanjost stare cerkve poznamo tudi z Valvasorjevih upodobitev. Taborsko obzidje je obstajalo do 1877.
Na podlagi vizitacijskega zapisnika iz leta 1680 in zapisov komendatorja Petra Jakoba Testaferrate o gradnji sedanje cerkve France Stele v svojem delu Politični okraj Kamnik (1929) podaja precej natančen opis notranjosti in zunanjosti nekdanje cerkve.
“Cerkev je bila orientirana kot sedanja, zvonik je stal sredi fasade in je imel piramidno streho. Ladja je imela izredno visoko streho, prezbiterij pa nekoliko nižjo; slika je ravno na tem mestu nejasna, ker izvršilec ni znal interpretirati predloge in nam o njegovem zaključku ne poda jasne slike. Valvasor omenja štiri oltarje. Precej jasno sliko pa dobimo o njeni notranjščini iz vizitacijskega zapisnika l. 1680. Zvonik je bil iz kamna in so v njem viseli trije zvonovi. Ohranjena sta bila dva stara nagrobnika, in sicer ustanovnika iz rodbine Latern-Scala ter župnika Gregorja Kerna iz 1. pol. 17. stol. Prezbiterij je bil bržkone še gotsko obokan, v slavoloku je bil tram s plastično skupino križanja /…/. V ladji je imela verjetno še raven lesen strop. Štirje pozlačeni oltarji /…/, bržkone nemško renesančni, so bili: veliki sv. Petra, dva stranska: na desni strani Marijinega darovanja in sv. Andreja (poleg njega je bil krstni kamen), na levi pa sv. Janeza Krst. Prižnica je imela križ. Razen tega sta bila še dva prenosna oltarja, ki so ju ob shodih postavljali zunaj. Svečnikov je bilo šest „ex orichalco“, deset lesenih posrebrenih, ostali pa so bili leseni poslikani. Naročilo se je, da se po novi modi popravi božji grob nad levimi stranskimi vratmi, ker je prastar (,,antiquissimus“). Sredi cerkve je visel od stropa baldahin „ex rubro holoserico“ za praznik sv. Rešnjega Telesa. Ob velikem oltarju na stenah sta viseli dve precej veliki sliki: Križani in „Christus crucem baiulans“. Ob oltarju sv. Janeza Krst. je visela slika kronanja Kristusa s trnjem, ob oltarju Matere Božje pa njena slika.”
France Stele: Politični okraj Kamnik, str. 358.
Leta 1726 je komendator Peter Jakob Testaferrata začel serijo prenov in barokizacije komendskih cerkva. Najprej se je lotil prav župnijske. Staro cerkev je dal aprila 1726 podreti in na njenem mestu postaviti novo po načrtih ljubljanskega arhitekta Gregorja Mačka, ki se je pri načrtovanju zgledoval po tedaj skoraj novi ljubljanski stolnici. Dne 3. maja 1726 je bil položen temeljni kamen za sedanjo cerkev, ki je bila posvečena 25. julija 1729. Cerkev, ki jo je dal postaviti Testaferrata je bila nekoliko krajša od sedanje: dolga je bila 14,5 sežnja (27,5 m) in široka 5,5 sežnja (10,43 m). V katastrofalnem velikonočnem potresu leta 1895 je bila cerkev močno poškodovana, posebno prezbiterij. V popotresni obnovi je dobila povečan prezbiterij, podaljšali pa so jo tako, da je sedaj zvonik v celoti vključen v zahodno fasado. Kot kaže Wiserjeva upodobitev iz 1761, se je prvotno zvonik na cerkveno zgradbo le naslanjal, ni pa bil vanjo vzidan.
