V šolskem letu 1991/92 je Ivanka Marič postala tretja ravnateljica Osnovne šole Frana Kranjca Celje. V naslednjem šolskem letu je bila preurejena in sodobno opremljena šolska knjižnica. V šolskem letu 1993/94 je v nekdanji učilnici in kasnejši zbornici nastala računalniška učilnica. Šola je dobila svoj prvi znak šole – logotip, ki ga je oblikoval učitelj likovne vzgoje Cveto Prevodnik. V šolskem letu 1995/96 je šola začela aktivno sodelovati v projektu Unesco ASP. Na mednarodnem UNESCO taboru v Piranu so celjsko regijo zastopali učenci OŠ Frana Kranjca Celje.
Jeseni leta 1995 je šola praznovala 40-letnico svojega obstoja. Slovesni dogodek je bil izveden v Narodnem domu Celje. V šolskem letu 1996/97 je šola prešla na enoizmenski pouk. Na šoli je poučevalo 19 učiteljev skupaj z ravnateljico, zaposlenih pa je bilo še 9 tehničnih delavcev in 2 strokovni delavki. Istega šolskega leta je šola uvedla računalniško opismenjevanje učencev. V mesecu marcu leta 1997 je šola dobila šolsko himno. Besedilo so sestavili učenci pod mentorstvom učiteljice slovenščine Martine Kroflič, uglasbila pa jo je učiteljica glasbene vzgoje Mateja Škorja. 27. septembra 1997 je šola pridobila certifikat o polnopravnem članstvu v projektu UNESCO ASPnet. V šolskem letu 1998/99 se je povečal šolski okoliš, ki od takrat obsega območje Krajevne skupnosti Pod gradom in del Krajevne skupnosti Aljažev hrib. Istega šolskega leta je šola dobila spremenjen logotip. Uvedeni so bili dnevi dejavnosti, tečaj gospodinjstva, družbeno koristno delo, poudarek pa je bil tudi na delovnih akcijah. Obe zbornici sta se združili v eno. Pouk je pričel potekati v treh trimestrih (ocenjevalnih obdobjih). Zaradi pomanjkanja prostorov je bila v prizidku šole iz dveh kabinetov urejena učilnica MAT2. 10. aprila 1998 je bila šola sprejeta še v slovensko mrežo Zdravih šol. 5. junija 1998 je pridobila Eko zastavo, s katero je šola postala enakovredna članica v evropskem projektu Eko šol.
