Stegenšek velja za pionirja raziskovanja slovenske sakralne umetnosti in umetnostne zgodovine ter začetnika naše spomeniške topografije. Zasnoval je načrt za popis vseh cerkva Lavantinske škofije. Izdal je dve topografiji: Dekanija Gornjegrajska (1905) in Konjiška dekanija (1909).
Prvi je znanstveno preučeval cerkvene spomenike v Jurkloštru, Žički kartuziji in na Ptujski gori.
Leta 1914 je Stegenšek pričel izdajati glasilo Ljubitelj krščanske umetnosti, katerega namen je bil predstavljati slovensko narodno umetnostno bogastvo in pospeševati sodobno umetnost.
Centralna komisija za varstvo spomenikov na Dunaju je Stegenška kot strokovnjaka s področja umetnostne zgodovine imenovala za častnega konservatorja, vendar se je kasneje s komisijo razšel. Verjetno zaradi drugačnih pogledov na ohranjanje spomenikov.
Njegovi strokovni prispevki so izhajali v revijah Stromataion archaiologikon, Der Kirchenschmuck, Zeitschrift für österreichische Volkskunde, Dom in svet, Voditelj v bogoslovnih vedah, Časopis za zgodovino in narodopisje, Glasnik najsvetejših src, Ljubitelj krščanske umetnosti …
Bibliografija dr. Avguština Stegenška obsega preko 270 naslovov. Izdelal je številne skice in načrte sakralnih spomenikov, prerisal mnoge umetniške stvaritve in na steklene plošče posnel veliko fotografij.
