Ker selitev knjižnice v minoritski samostan ni prinesla bistvenih izboljšav glede razpoložljivega prostora in kadra, so že leta 1984 ponovno stekla prizadevanja za pridobitev novih prostorov. Sredi osemdesetih let 20. stoletja je bil projekt preselitve ptujske knjižnice vključen v občinske programe revitalizacije starega mestnega jedra. Sprejet je bil sklep, da se za potrebe ptujske knjižnice rekonstruira kompleks stavb Malega gradu na Prešernovi ulici 33–35.
Prvo fazo projekta preselitve ptujske knjižnice v nove prostore je knjižnici uspelo realizirali v poletnih mesecih leta 1994, ko se je v južni trakt, novogradnjo na južnem dvorišču Malega gradu, preselil mladinski oddelek, ki je tako prvič v zgodovini svojega delovanja dobil sodobne in lepo opremljene prostore s 426 m2 površine. Prostorski razširitvi je sledila še kadrovska okrepitev. Tako so bili končno ustvarjeni pogoji za redno izvajanje najrazličnejših dejavnosti za mlade bralce: za izposojo, sistematično bibliopedagoško delo ter raznovrstne dejavnosti za razvijanje knjižne, knjižnične in književne vzgoje.
Raznovrstnim, že uveljavljenim dejavnostim oddelka se je leta 1995 pridružil še Medobčinski knjižni kviz, avtorski projekt, ki sta ga do leta 2004 v čast aprilskim knjižnim praznikom pripravljali knjižničarki Melita Zmazek in Liljana Klemenčič. Odmevno knjižno tekmovanje, v katero je bila vključena večina osnovnih šol s širšega ptujskega in ormoškega področja, je uspešno zadovoljevalo mnoge cilje: sodelovanje med splošnimi in šolskimi knjižnicami, spodbujanje knjigoljubja, dvig bralne kulture, spoznavanje nove slovenske in prevodne literature, seznanjanje s knjižničarsko stroko in bibliotekarsko terminologijo, zavedanje raznolikosti maternega jezika, literarnih oblik in poučne literature. Predfinalno tekmovanje je potekalo v pravljični sobi mladinskega oddelka, finale pa v studiu Radia Ptuj z neposrednim prenosom, kar je bilo za vse sodelujoče prijetno in poučno doživetje.
Leta 1996 je Liljana Klemenčič za popularizacijo knjig in knjižnice v lokalnem časopisu Tednik začela pripravljati rubriko Tednikova knjigarnica. V njej zainteresirano javnost seznanja o magičnem svetu pisane besede, ponuja knjižne novosti in raznovrstne prireditve mladinskega oddelka. Od leta 2001 se v mladinskem oddelku uspešno odvijajo Pravljične urice z jogo, ki jih izvajata knjižničarka in pravljičarka Liljana Klemenčič in inštruktorica joge Sonja Trplan. Temeljno bibliopedagoško dejavnost za mlade bralce – pripovedovanje pravljic, spoznavanje kvalitetnih knjig in književnih ustvarjalcev – sta domiselno nadgradili z vajami za razvijanje koncentracije in gibalnih spretnosti ter tehnikami sproščanja.
Leta 1998 se je mladinski oddelek priključil vseslovenski akciji Moja najljubša knjiga. V projektu, ki ga je osnovala Pionirska knjižnica Ljubljana, vodijo in koordinirajo pa jo slovenske splošne knjižnice, mladi bralci izbirajo svojo najljubšo slovensko in v slovenščino prevedeno knjigo. Oddelek je od leta 2006 vključen tudi v nacionalni projekt Rastem s knjigo, ki poteka pod okriljem Ministrstva za šolstvo in šport z namenom spodbujanja bralne kulture med učenci sedmih razredov osnovnih šol, od leta 2010 pa tudi za dijake prvih letnikov srednjih šol. Leta 2012 se je priključil tudi k izvajanju projekta Pikina bralna značka, ki poteka pod okriljem velenjskega Pikinega festivala, mnogovrstnim dejavnostim mladinskega oddelka pa so se pridružile še Igralne urice s knjigo.
Uporaba nove informacijske tehnologije v prvi polovici devetdesetih let 20. stoletja je mladinske knjižničarje postavila pred nov izziv: izobraževanje mladih uporabnikov za uporabo spletnega knjižnično-informacijskega sistema in servisa Cobiss ter za odgovorno in varno rabo svetovnega spleta. Že pri preselitvi v Mali grad so otroci za potrebe iskanja po Cobissu dobili na razpolago računalnik, leta 2004 pa je oddelek pridobil še t. i. »Tušev kotiček« z dvema računalnikoma, ki je mladim poleg zabave in komunikacije omogočal tudi seznanjanje z aktualnimi dogodki, branje spletnih revij in časopisov, opravljanje dela povezanega s šolskimi obveznostmi itn. Leta 2007 se je oddelek predstavil javnosti na spletni strani Knjižnice Ivana Potrča Ptuj, prav tako je na spletu začel objavljati priporočilne sezname knjig za mlade bralce.
