Prvič se Mirna imenuje župnija za časa Ilirskih provinc v škofijskem šematizmu iz leta 1813. To imenovanje je bilo z odhodom Francozov še istega leta tudi ukinjeno. Kot samostojna župnija obstaja Mirna od 25. oktobra 1862 dalje, ko je bila v skupini 45 vikariatov obenem z drugimi preimenovana v župnijo.
V 19. stoletju je postala mirnska cerkev za opravljanje župnijskih nalog premajhna, kar je zabeležil tudi škof Anton Alojzij Wolf v svojem dnevniku 16. junija 1825 po svojem vizitacijskem obisku Mirne. Med leti 1850 in 1857 so cerkev podaljšali za 7 metrov, dobila je pevski kor in fasadni izgled z južne strani. Na severni strani je bila prizidana zakristija, streha na stolpu in dekoracije zvonika so dobile današnjo obliko, okna krogovičje, južna stena nad glavnim vhodom rozeto in južna kapela trikotni zaključek z novogotskimi ornamenti in rozeto. Stranska oltarja sta iz prve polovice 19. stoletja, v desnem je v osrednji niši baročni kip bičanega Kristusa, v levem pa kip Brezmadežne, ki je nastal kmalu po razglasitvi dogme o Marijinem brezmadežnem spočetju leta 1854. Leta 1902 je cerkev dobila lesen neogotski glavni oltar, ki ga je izdelal Anton Rovšek, tri stopnice, menzo in tabernakelj pa je iz belega marmorja naredil Feliks Toman. Na vsaki strani tabernaklja sta kerubina iz mavca, v osrednji niši je kip sv. Janeza Krstnika, v stranskih nišah pa kipa sv. Petra in sv. Pavla. Leta 1913 so pokopališče preselili k Sv. Heleni in uredili okolico cerkve z dohodnimi stopnicami ter s tem utrdili južni fasadni izgled. Freski Obglavljenje Janeza Krstnika in Marijino obiskovanje, ki sta skriti pod beležem na stenah prezbiterija, je leta 1932 naslikal Seppe Grassmück. V ladji na severni steni je isti slikar na suh omet naslikal Poslednjo sodbo, v kateri je upodobil takrat živeče znane krajane Mirne. Slika se je ohranila na fotografiji Franceta Steleta.
