Kipe, ki so bili kljub obnovam v 19. in 20. stoletju resno ogroženi, je restavratorski center leta 1984 umaknil v svoj depo. Restavratorji so jih z metodo zaplinjevanja najprej zaščitili pred nadaljnjim škodljivim delovanjem insektov, nato pa so jih preventivno izdatno prepojili s sredstvom za preprečevanje nadaljnje okužbe z glivami in insekti.
Ob spremljanju obnove kapel v prvem desetletju 21. stoletja je stroka ocenila, da so lesene skulpture preveč pomembne pričevalke baročne dediščine, da bi bile, sicer restavrirane, vrnjene v kapele. Tako je bilo odločeno, da se v kapele namestijo kopije kiparskih skupin, originalni kipi pa naj bodo na ogled v muzejski postavitvi. Delo v kiparskih ateljejih restavratorskega centra je tako potekalo skladno s smernicami za nadaljnjo hrambo in postavitev originalnih kipov v muzeju ter izdelavo kopij, ki bodo originale nadomestile v kapelah.
Kopije kipov iz prvih sedmih kapel so izdelane po klasičnem postopku z odlivanjem dvokomponentne umetne smole, kopije kipov iz drugih kapel pa s STL-rezkanjem blokov visokokakovostnega poliuretana s polnilom.
Vodja konservatorskih in restavratorskih posegov ter postopkov izdelovanja kopij je bila restavratorka kiparka Nuška Dolenc Kambič, ki je z zagovorom teme o propadanju lesenih polihromiranih plastik v kapelah šmarske Kalvarije pridobila znanstveni naziv.
