V času Rutarjeve mladosti so potekala izkopavanja predvsem v Grčiji in Italiji, osredotočali so se na antiko, nastajala pa je tudi že povsem nova veda, prazgodovina človeka, ki je ugotavljala, kdo in kako so živeli pred tem.
Rutar je desetletje svoje poklicne poti preživel kot profesor v Dalmaciji, pretežno v Splitu z Dioklecijanovo palačo in bližnjim Solinom (antično Salona, glavno mesto rimske province Dalmacije). Takratni ravnatelj splitskega arheološkega muzeja Frane Bulić se je osebno zavzel, da je Rutar postal njegov asistent, in ga opisal kot delovnega, bistrega in marljivega moža. Med čakanjem na potrditev je v muzeju delal prostovoljno. Bulić je v mesto privabil strokovnjake številnih univerz in ustanovil strokovno glasilo Bullettino di archeologia e storia Dalmata. Občasno je vanj prispeval tudi Rutar.
Rutar je bil uradno asistent med leti 1886 in 1889, ko je bil premeščen v profesorsko službo v Ljubljano. Postal je konservator I. sekcije za Kranjsko pri Osrednjem poverjeništvu za preiskovanje in ohranitev umetniških in zgodovinskih spomenikov. Gradivo je evidentiral, zbiral in notiral. Objavljal je poročila v obliki kratkih novic v nemščini in slovenščini.
Objavljal je v domačih in tujih strokovnih revijah in glasilih. Med arheološkimi temami je pisal o Rimljanih na naših tleh, o grobišču pri Sv. Luciji (danes Most na Soči), Akvileji, Solinu, rimskih cestah idr.
Za Izvestje Muzejskega društva za Kranjsko je pripravil slovensko-nemško (str. 7) in nemško-slovensko (str. 46) starinoslovsko terminologijo, zato ga viri opisujejo tudi kot ustvarjalca slovenske arheološke terminologije.
