Leta 1889 je cerkvena notranjščina doživela večjo prenovo, v okviru katere je bil v prezbiteriju položen nov tlak (šamot) in poslikana južna stena prezbiterija. Novo marmorno obhajilno mizo z neoromansko ornamentiko je izdelal Vinko Čamernik iz Ljubljane, kovinsko ograjo v galerijah nad prezbiterijem pa klepar in ključavničar Anton Belec iz Šentvida nad Ljubljano. Klopi je po načrtu Feliksa Tomana prenovil oz. v veliki meri na novo izdelal domač mizar iz Zbilj.
Edina pomembnejša kasnejša prezidava na novi cerkvi je bilo že omenjeno zvišanje starega zvonika, ki je bil v prvotni obliki za novo stavbo prenizek. Načrti za zvišanje zvonika, ki jih hrani župnijski arhiv, so datirani v leto 1908, delo pa je bilo izvršeno v naslednjih letih. Zvoniku so podrli zgornje nadstropje s kapo in namesto njega postavili dve nadstropji, zaključeni s kupolasto streho. Iz načrtov je razvidno, da je bila skupaj s prezidavo zvonika predvidena tudi dodatna členitev glavnega pročelja cerkve. Ohranjena je risba s tridelno členitvijo pročelja z lizenami, pilastroma in slepimi okenci ter prominentno okrašenim portalom. Želja za bolj razgibano pročelje bi lahko izvirala še iz prvotnih načrtov iz leta 1846, kjer je nakazana nekakšna členitev pročelja s pilastri oziroma lizenami. V času prezidave zvonika je bila v cerkveni notranjščini izvedena tudi večja prenova, v okviru katere je bila v celoti na novo poslikana. Poslikavo je leta 1909 prevzel slikar Anton Jebačin.
Tudi kasneje je bilo v cerkvi treba marsikaj popraviti. Tako je bilo leta 1967 popravljeno razpadajoče cerkveno ostrešje. Med letoma 1975 in 1976 je bila izvedena preureditev prezbiterija po smernicah drugega vatikanskega koncila. Odstranjena je bila obhajilna miza iz leta 1889, ki je bila premaknjena na levo in desno stran glavnega oltarja, vgrajena pa je bila tudi v novo oltarno mizo. Položen je bil nov kamnit tlak. Leta 1984 so bili obnovljeni električna napeljava in cerkveni lestenci, ki so bili tudi razmeščeni drugače. Leta 2003 je bil prenovljen pevski kor. Ograja je bila okrašena s slikami župnijske cerkve in podružničnih cerkva, delom Nikolaja Mašukova. Leta 2005 so bila dovršena obnovitvena dela na celotni fasadi. Zaradi pokanja je bil s kovinskimi vezmi podprt obok v ladji. V notranjščini je bila na spodnjem delu stene obnovljena poslikava.
