Il Museo fu istituito alľinizio del 1911, un anno dopo la fortunata mostra di Capodistria intitolata » PRIMA ESPOSIZIONE PROVINCIALE ISTRIANA«, in cui fu presentato, tra ľaltro, anche il patrimonio culturale istriano.
Oggi, la sua struttura espositiva originale ospita una collezione archeologica, collezioni ďarte e percorsi storico-culturali nonché una raccolta dedicata alla storia fino alla fine delľ Ottocento. Nel padiglione adiacente al lapidario esposta la raccolta di storia contemporanea del Litorale, mentre si trovain piazza Gramsci la collezione etnologica.