Simon Rutar med zgodovinarji sodi v tisto skupino, ki je pri nas postavila temelje zgodovini kot znanosti. Vire so začeli kritično presojati, jih iskati in zbirati, na zgodovino slovenskega naroda pa so gledali kot na celoto (Grafenauer, 1976:9), ne glede na to, pod katero upravo je spadalo posamezno ozemlje.
Rutar je ob tem kazal posebno zanimanje predvsem za primorske dežele, čeprav je obravnaval tudi druge teme. Leta 1875 je v Soči izšlo njegovo prvo večje zgodovinsko delo, razprava Razmere med Slovenci in Langobardi. Pisal je o oglejskih patriarhih, goriških grofih, slovenskih deželah od 7. do 13. stoletja, šeststoletnici habsburške vlade na Slovenskem in drugih temah.
Ocenil je številne domače in tuje zgodovinske knjige, svoje zanimanje pa je iz zgodovine prelil v arheologijo, o kateri je tudi obširno pisal.
Za preteklost svojih krajev se je zanimal že v zadnjih razredih gimnazije, ko je začela nastajati Zgodovina Tolminskega; po petih predelavah je izšla leta 1882. Grafenauer je o njej zapisal, da »pomeni pri nas prvo temeljito monografijo o ožji pokrajini v našem zgodovinopisju.« (Grafenauer, 1976:14) Zanimiva je tudi zato, ker vsebuje podatke iz arhiva, ki je danes izgubljen. A delo ni le zgodovinsko, saj prinaša še poglavje o zemljepisu in statistične podatke.
Na podoben način je zapisal tudi knjige Poknežena grofija Goriška in Gradiščanska, Samosvoje mesto Trst in mejna grofija Istra ter Beneška Slovenija: prirodoznanski in zgodovinski opis.
Za raziskave za knjige je prepotoval številne primorske kraje, le za pisanje o Beneški Sloveniji se je izrazito zanašal na dopisovanje in informacije, ki mu jih je pošiljal predvsem Ivan Trinko Zamejski.
V Goriški knjižnici Franceta Bevka v zapuščini Ivana Trinka – Zamejskega hranimo nekaj Rutarjevih pisem, v katerih se na beneškega duhovnika med drugim obrača tudi z vprašanji o pokrajini in ljudeh. Oktobra 1885 mu npr. piše: »Dolgo je že, od kar vam nesem nič pisal in za to bi rad izvedel, ali ste že kaj napisali ob narodnej meji med Slovenci in Italijani u provinciji Videm? Jaz bi prav rad vedel, u katerih mejnih vaseh in selih se še govori slovenski, u katerih pa že italijanski.« (datirano 12. 10. 1885, Iz zapuščine Ivana Trinka Zamejskega, mapa 1, enota 144, hrani Goriška knjižnica).
