Leta 1889 je postal referent za slovanske časnike na poročevalskem oddelku ministrstva za zunanje zadeve, kjer se je dobro seznanil z vsemi slovanskimi jeziki in tudi z razmerami po slovanskih deželah. Obenem je predaval slovenščino na Terezijanski akademiji (1892‒1896) in ruščino na Zavodu za vzhodne jezike (1891‒1899), v letih 1896–1902 je bil nosilec stolice za ruski jezik na Konzularni akademiji.
V različnih razpravah je obravnaval starejšo rusko in slovansko slovstvo. Intenzivno je raziskoval češko romantiko in njene povezave z nemško. Leta 1897 se je habilitiral za privatnega docenta na Filozofski fakulteti dunajske univerze. Habilitacijsko delo Deutsche Einflüsse auf die Anfänge der böhmischen Romantik (Nemški vplivi na začetek češke romantike, 1897) mu je v znanstvenih krogih prineslo velik ugled. To je prva monografija slovenskega avtorja s področja primerjalne literarne zgodovine – izšla je kot prvi del monografije Deutsche Einflüsse auf die Anfänge der Slavischen Romantik (Nemški vplivi na začetek slovanske romantike), nameravano nadaljevanje potem ni bilo dopisano.
Murkovim literarnozgodovinskim spisom so se kmalu pridružili tudi prispevki s področja etnografije. 1896 je v Letopisu Slovenske matice objavil obširno poročilo o Narodopisni razstavi češkoslovanski v Pragi leta 1895, v katerem je poleg opisa razstave podal nekakšen uvod v sodobno narodopisno znanost. V poglavju Nauki za Slovence je predstavil smernice za sistematičen razvoj slovenske etnologije in slovstvene folkloristike ter se zavzel za povezano obravnavo duhovne in materialne ljudske kulture.
