Od 16. marca 2020 do 1. junija 2020 je izobraževanje, tako kot na vseh šolah v Sloveniji, potekalo na daljavo preko spletnih učilnic zaradi razglasitve epidemije Covid-19 (popolno zaprtje države). V obdobju jesen 2020 – pomlad 2021 je bila še drugič razglašena epidemija Covid-19. Pouk je kar pol leta potekal na daljavo preko spletnih učilnic in videokonferenc. 5. maja 2021 je bilo odprto šolsko igrišče z igrali ter učilnica na prostem.
V šolskem letu 2021/22 je šola pridobila steklen prizidek k obstoječi jedilnici in s tem 20 jedilnih mest. 17. maja 2022 je bilo v okviru programa EU Erasmus+ organizirano zaključno srečanje učiteljev, vzgojiteljev in ravnateljev iz Slovenije, Srbije in Italije. Ob koncu šolskega leta 2021/22 je Kristina Radoš Janežič postala peta ravnateljica OŠ Frana Kranjca Celje. V šolskem letu 2023/24 je bil za učence uveden rekreativni odmor. Šola je dobila priznanje MEPI (mednarodno priznanje za mlade) za posebne dosežke. V šolskem letu 2024/25 se rezultati Nacionalnega preverjanja znanja (NPZ) devetošolcem ponovno upoštevajo kot delni kriterij za vpis v srednje šole, ki imajo omejitev vpisa. Januarja 2025 je bila šola nominirana za priznanje Mestne občine Celje (celjski grb). 26. novembra 2025 je šola praznovala 70-letnico svojega obstoja.
