Leta 1652 je dvorec prešel v roke Eberharda Leopolda Ursinija grofa Blagaja. V lasti rodbine Ursini – Blagaj je ostal vse do leta 1901, zato je bil skoraj 250 let eno njihovih pomembnejših posesti. V drugi polovici 18. stoletja so dvorec temeljito prenovili in mu dali bolj reprezentativno baročno podobo.
Z Boštanjem je povezan tudi grof Rihard Ursini Blagaj, ki se je leta 1786 rodil na gradu kot sin tedanjega lastnika Jožefa Ursinija grofa Blagaja. Kasneje se je preselil v Polhov Gradec, kjer je postal prvi polhograjski župan in se uveljavil kot gospodarstvenik, kulturni podpornik in navdušen botanik. Ko mu je leta 1837 neki kmet prinesel rastlino, ki so ji domačini rekli »rumena jožefca«, jo je poslal ljubljanskemu naravoslovcu Henriku Freyerju. Ta jo je prepoznal kot novo vrsto in jo poimenoval Daphne blagayana oziroma blagajev volčin.
Po Jožefu je Boštanj leta 1825 prevzel Rihardov brat Ignac Ursini grof Blagaj, ki je ostal njegov lastnik do leta 1857. Za njim je posest prešla na Ludvika Ursinija grofa Blagaja, nato pa na Matildo Ursini grofico Blagaj, ki je bila zadnja lastnica iz rodbine. Leta 1901 je Boštanj podedovala njena nečakinja Terezija baronica Lauer, s čimer se je končalo skoraj 250 let dolgo obdobje Ursini-Blagajev na Boštanju.
