Nemško vojaško pokopališče je bilo dokončno urejeno 21 let po koncu prve svetovne vojne. Različne faze urejanja vojaških pokopališč danes otežujejo ugotavljanje natančnega števila pokopanih na posameznih pokopališčih.
Ob odsotnosti načrtov pokopališč z vrisanimi grobovi iz časa preurejanja in številnih ekshumacijah je še toliko težje določiti lokacije grobov padlih. Med 2. svetovno vojno so ostala številna vojaška pokopališča 1. svetovne vojne nevzdrževana. Na območje Tolmina so v tem času ponovno prišli tudi nemški vojaki. Pod temelji nemške kostnice so nameravali zgraditi bunker in pričeli kopati globoko jamo, a so zaradi pregloboko pozidanih temeljev z deli prenehali. Prva leta po vojni je jugoslovanska vojska v stavbi hranila strelivo, območje pa je bilo v celoti pod vojaško upravo. Po letu 1950 je bilo svetišče očiščeno. V šestdesetih letih 20. stoletja je v dogovoru z VDK strokovno skrb nad objektom prevzel Zavod za spomeniško varstvo Gorica iz Nove Gorice, skrbništvo pa so prevzeli Tolminci. Avgusta 1963 je bila ta naloga zaupana Mariji Rutar, tolminski muzealki, od 1. septembra naprej pa je za kostnico skrbel Andrej Obleščak. V osemdesetih letih je bil skrbnik kostnice Ciril Laharnar iz Tolmina, krajši čas je bila ta naloga zaupana Slavku Golobu, vse do konca leta 2019 pa je bil v skladu z dogovorom z VDK za to zadolžen Maksimiljan Rejec. Medtem ko so skrbniki skrbeli za redno vzdrževanje, so večja obnovitvena dela potekala pod okriljem spomeniške službe.
Objekt je umeščen tik nad brežino reke Soče, kar je terjalo že v času gradnje dodatno utrjevanje. Leta 1984 pa so bila na brežini izvedena tehnično precej zahtevna sanacijska dela. Za nadaljnjo usodo objekta je bilo pomembno tudi zasutje jame na vzhodni strani objekta, saj je ogrožala njegove temelje. Do zasutja je prišlo leta 1962, ko je Referat za spomeniško varstvo za okraj Gorica uspel z Učiteljiščem Tolmin skleniti dogovor, da so k sanaciji jame pritegnili tudi dijake. Največ posegov doslej pa je sicer terjala streha. Nad prvo obnovo strehe v letih 1960-1961 je bdel Referat za spomeniško varstvo, ki je takrat deloval še pod okriljem Goriškega muzeja. Leta 1984 je bil na novo prekrit celoten objekt in leta 1992 je bila streha ponovno zamenjana. Omeniti je treba še dva večja posega na mozaiku v notranjosti objekta. Prvi je bil izveden v 60-ih letih 20. stoletja, ko je restavratorska dela opravil restavrator Rafael Nemec iz Nove Gorice. Drugi poseg leta 2017 pa je izvedla restavratorka Nataša Škrjanec pod strokovnim nadzorom pristojne območne enote ZVKDS Nova Gorica in Restavratorskega centra. Mozaik je bil utrjen, manjkajoči deli pa rekonstruirani. Zadnji posegi, celovito čiščenje zunanjega obzidja, čiščenje kovane mreže v notranjosti in sanacija lesenega stropa ter elektrifikacija so bili na objektu izvedeni maja 2020.
