V vrtu so predstavljene rastline posamezno in v obliki rastlinskega sistema, kar je pomembno tako za raziskovalne, pedagoško-didaktične in hortikulturne namene.
Vsako leto imajo v vrtu nalogo nabrati semena za lastne potrebe in za izmenjavo med botaničnimi vrtovi. Botanični vrt ima tudi semensko gensko banko. Nekatera semena lahko pri njih kupite tudi vi. Vsako leto vrt sodeluje pri izmenjavi seznamov semen z 293 vrtovi po vsem svetu.
Ena izmed nalog zaposlenih v Botaničnem vrtu je raziskovanje njegovih endemitov, nekaj jih v vrtu tudi uspešno gojijo v kulturi. Vzgajajo rastline, ki so v naravi ogrožene ali v Sloveniji celo že izumrle. Gojijo rastline, ki so v Sloveniji na meji svojega areala razširjenosti. Posebno mesto namenjajo rastlinam, ki imajo na našem ozemlju klasično nahajališče. V zadnjih letih so ponovno začeli v kulturi uspešno gojiti nekatere pri nas redke visoko- in nizkobarjanske vrste. Ob morebitnem izginotju rastlin na naravnem rastišču le-te tja lahko ponovno naselijo.
Vrt kot eksperimentalno področje uporabljajo različne institucije za poskuse na rastlinah, ki jih je treba nekaj časa gojiti.
Tudi vodeni ogledi botaničnega vrta predstavljajo obiskovalcem rastlinski svet kompleksno in zanimivo. Po vrtu se gibljejo obiskovalci po 9 enotah Botaničnega vrta: arboretum, rastlinski sistem, bazeni z vodnimi, močvirskimi rastlinami in bajer, skalnjak z rastlinami iz gorskih predelov in Krasa, rastlinjak, Sredozemske rastline, tematski vrt in gojitveni del.
