Aprila 1941 je Ptuj zasedla nemška vojska. Ukinjene so bile vse slovenske šole, slovenski učitelji pa izgnani na Hrvaško in v Srbijo. V šolah je bilo nastanjeno nemško osebje, pogosto brez ustrezne izobrazbe.
Nemci so do konca šolskega leta 1940/1941 obdržali staro ureditev šolstva na Ptuju, naslednje leto pa je prišlo do šolske reorganizacije: na Mladiki je ostala samo meščanska šola (Hauptschule für Mädchen in Pettau in Hauptschule für Jungen in Pettau). Učence ljudske šole so ločili po spolu in dečke združili v nekdanji deški šoli, deklice pa v okoliški ljudski šoli.
V vseh šolah so bili odstranjeni slovenski napisi in slike ter uničene vse slovenske knjige. Glavni namen pouka je bila germanizacija otrok. Slovenski jezik je bil prepovedan tudi med odmori, kršitelji so bili strogo kaznovani. Pouk je vseboval predvsem učenje nemščine, petje in vojaške vaje ter seznanjanje z življenjepisom Adolfa Hitlerja. S šolo je bila močno povezana nacistična mladinska organizacija Hitler Jugend, v katero so vključevali otroke od 7. do 12. leta starosti. Otroci, vključeni v to organizacijo, so dobivali brezplačno obleko in obutev ter druge nujno potrebne stvari. Šolski obisk se je proti koncu vojne močno zmanjšal zaradi številnih letalskih alarmov.
Ob koncu vojne so bile vse šolske zgradbe v mestu močno poškodovane. V letalskem bombardiranju marca 1945 je hude poškodbe utrpela Mladika, saj so jo zadele bombe, namenjene železniškemu mostu. Ostrešje in mansarda stavbe sta bila povsem uničena, močno poškodovan je bil tudi del drugega nadstropja stavbe. Zgradbo okoliške šole, ki jo je jeseni 1944 zasedla vojska, so Nemci 8. maja 1945, tik pred umikom, razstrelili, v poslopju deške šole pa z zažigom drobne municije uničili del pritličja.
