Kapucinski samostan so v zapor spremenili 22. aprila. Prvi zaporniki so bili okoliški aretiranci in duhovniki. Najprej so v samostan prepeljali aretirance iz Laškega, kasneje se jim je pridružilo še nekaj Celjanov, okoličanov in Savinjčanov, med njimi tudi znani akademski slikar Albert Sirk.
V kapucinskem samostanu je bilo zaprtih približno 160 intelektualcev, uslužbencev in obrtnikov ter 80 duhovnikov. Skupaj z zaporniki je v samostanu sprva prebivalo še šest patrov, ki so jih kasneje aretirali in pridružili zapornikom. V samostanu so veljala stroga pravila, vsi zaporniki so se morali dvakrat dnevno udeleževati izčrpavajoče telovadbe na samostanskem dvorišču. Zapornike so lahko občasno obiskovale njihove žene, sprva so od svojcev prejemali tudi pakete.
Večino internirancev, ki so bili v prvih dneh okupacije zaprti v Starem piskru in kapucinskem samostanu, so izgnali v Srbijo in na Hrvaško. Prvi transport aretirancev je iz samostana odšel 25. maja 1941 v grad Rajhenburg. 28. junija so zapor v kapucinskem samostanu ukinili. Prostori kapucinskega samostana pa so postali zbirališče zaplenjenih knjig.
