V cerkvenem pogledu so bile Črnuče prvotno podružnica mengeške pražupnije. Cerkev sv. Simona in Jude Tadeja se prvč omenja leta 1526, morda pa je bila še starejša. Župnijski vikariat s podružnico v Nadgorici so postale leta 1764, cerkveno potrjen šele leta 1768. Prvi vikar Peter Jungovič se je aprila leta 1764 preselil v novo župnišče, ki ga je zgradila črnuška soseska.
Črnuče so župnija postale leta 1862. Prvotna cerkev je stala sredi starega pokopališča. V njej je imel leta 1867 novo mašo do sedaj zadnji črnuški novomašnik frančiškan pater Kalist Medič. Prvi črnuški župnik je bil Jožef Supin (Zupin, 1802-1875).
Ker je postala cerkev premajhna, so leta 1880, ko je župnikoval Lovrenc Mazek, staro podrli in na istem mestu še istega leta postavili novo do te mere, da so lahko v njej opravljali obrede. Zidavo je prevzel ljubljanski zidarski mojster Franc Faleschini (Faleskini), ki je po ljubljanskem potresu sezidal novo cerkev. Zvonik, ki je ostal še od pprejšnje cerkve, so utrdili in nadzidali leta 1881. Cerkev je bila dokončana in blagoslovljena šele leta 1887, za časa župnika Janeza Kobilice (1844-1905).
Ob ljubljanskem potresu leta 1895 je bila tedaj čisto nova cerkev tako poškodovana, da so jo podrli in čez dve leti na stavbišču, kupljenem od nekega Franceta Kodermana, zgradili sedanjo cerkev izven pokopališča. Slovesno so jo blagoslovili 26. 9. 1897. Cerkev se ponaša s krstilnico, delom arhitekta Jožeta Plečnika. Gradnjo je vodil župnik Janez Kobilica in stavbni odbor. Pokopališče je bilo leta 1913 preurejeno in ograjeno, kar je bil mogočen finančni zalogaj, pri delih pa so pomagali domačini.
