90. leta so bila zagotovo ena najpomembnejših za zgodovino in kasnejši razvoj Term Čatež. V letu osamosvojitve Slovenije (1991) so zgradili največji odprti bazen v Sloveniji ter vse obstoječe bazene združili v t. i. Termalno riviero. Gre za ime – zaščiteno blagovno znamko, ki je pomenila tudi začetek razvoja vseslovenskega termalnega turizma, ki še danes z unikatno ponudbo privablja goste iz celega sveta.
Že naslednje leto so na Mokricah odprli golf igrišče z 18 luknjami, na lokaciji Čateža pa dodatne gostinske lokale ter Slaščičarno Urška, ki ponuja slane in sladke dobrote lastnih čateških pekovskih mojstrov.
Nov in izredno pomemben mejnik je bilo leto 1993. Zunanjim bazenom Termalne riviere se je priključilo 1.200 m2 notranjih bazenskih površin z vodnimi atrakcijami – t. i. zimska Termalna riviera. Poleg bazenov so zgradili savne, solarije, del za masaže in restavracijo. S tem so Terme Čatež postavile novo obdobje slovenskega turizma – kopanje in/ali bivanje je bilo ne glede na vremenske razmere možno 365 dni v letu. Ta vzorec so kasneje povzela vsa slovenska naravna zdravilišča/terme. V istem letu so na lokaciji Čateža zgradili vodno zabavišče, uredili brežine ob umetnem jezeru, adaptirali terapevtski del in bazen hotela Zdraviliški dom.
V letu 1994 so adaptirali sobe in prenovili ‘a la carte’ restavracijo hotela Terme, odprli dodatne trgovske lokale in prenovili bungalove ob hotelu Zdraviliški dom. Postavili so digitalno telefonsko centralo in posodobili računalniške povezave. Leta 1995 so zaradi povečanja povpraševanja ponovno povečali kapacitete zunanjih bazenov, t. i. poletne Termalne riviere. Zgrajen je bil bazen z valovi, adaptirani so bili gostinski lokali, terase ter zgrajeno nočno zabavišče – Club Termopolis. Leto 1995 si bomo zapomnili tudi po celotni obnovi starega hotela Toplice. Po urbanističnem načrtu je bil ta predviden za rušenje, a so se odločili drugače. Obnovljeni hotel, ki je bil 19 let zaprt, so obnovili po zgledu prvotnega, ki so ga zgradili Attemsi.
Do konca 90. let so nadaljevali z adaptacijami v hotelu Zdravilišče (novo ime za Zdraviliški dom), preuredili so hotelski del hotela Golf grad Mokrice, posodobili vhod v trgovino v Čatežu. V Brežicah pa so zgradili poslovno stavbo z ‘brežiško’ slaščičarno Urška.
Leta 1998 so začeli s širitvijo poslovanja Term Čatež tudi na slovensko obalo. Z nakupom večinskega deleža v Hotelih Koper so že leto kasneje (1999) prenovili obstoječi hotel in ga preimenovali v hotel Koper. Istega leta so se začeli pripravljati tudi na prenovo dodatnega hotela na obali – hotela Žusterna. Istega leta so izgradili še eno unikatno atrakcijo – počasno reko na poletni Termalni rivieri. Leta 1999 so zaradi velikega povpraševanja gostov na različnih tujih trgih začeli z izgradnjo druge kupole zimske Termalne riviere, hotela z 230 ležišči, pokritega sprehajališča, športnih objektov in kongresnega centra, zgradili so tudi 40 dodatnih apartmajev v kampu.
Na prelomu tisočletja – leta 2000 se je družba Hoteli Koper d.d. pripojila družbi Terme Čatež d.d. Sledil je začetek gradnje bazenskega kompleksa v Žusterni. V Čatežu se je zgodila adaptacija sob hotelov Terme in Golf grad Mokrice.
