Že graditelj Testaferrata je poskrbel za kvalitetno notranjo opremo cerkve, pri kateri ni varčeval. Izdelavo štirih stranskih oltarjev je naročil pri ljubljanskem rezbarju Mateju Vrbniku (+1735), kamnoseška dela (krstni kamen, portal) pa je opravil ljubljanski kamnosek Lodovico Bombasi (+1750). Veliko predmetov cerkvene opreme je kupil v Benetkah, med drugim tudi slike za Vrbnikove stranske oltarje.
Veliko umetniško vrednost imajo oltarne slike beneškega slikarja Niccola (Nikolausa) Bambinija (1651-1736). Vrbnikovi stranski oltarji so bili kasneje nadomeščeni z novimi, ohranile pa so se Bambinijeve oltarne podobe, in sicer: mučeništvo sv. Andreja, upodobitev sv. Antona in sv. Frančiška Asiškega, slika sv. Florijana in sv. Valentina ter upodobitev smrti sv. Jožefa.
K baročni lepoti komendske župnijske cerkve je veliko prispeval tudi Peter Pavel Glavar. Glavni oltar so konec 50. let 18. stoletja izdelali po idejnem načrtu (skici) slikarja Franca Jelovška (1700-1764) in naj bi bil njegova edina ohranjena plastika. Mizarski del je delo Jožefa Schettela, kipe pa je leta 1758 izdelal rezbar Janez Gabrič. Prav tako po osnutku Franca Jelovška je bila leta 1670 izdelana prižnica, ki je delo mizarja Jožefa Wallerja in kiparja Jakoba Löhra. Na reliefih prižnice je upodobljeno Kesanje sv. Petra, Izročanje ključev in Rešitev iz ječe. Prižnico krasijo plastike štirih evangelistov s pripadajočimi atributi, na strehi prižnice so upodobljene štiri glavne kreposti. Leta 1761 so bile postavljene orgle, ki jih je izdelal ljubljanski orglarski mojster Janez Jurij Eisl (1708-1780).
