10. aprila 1941 je jugoslovanska vojska minirala viadukt, tri dni kasneje so v Borovnico prišli Italijani. Zrušen srednji del so premostili z Roth-Waagnerjevo konstrukcijo, vas pa obdali z bodečo žico. Po kapitulaciji Italije so kotlino zasedli Nemci. Viadukt so začeli bombardirati zavezniki in 27. decembra 1944 je bil promet po njem za vedno prekinjen.
Na velikonočni četrtek leta 1941 je miniranje povzročilo sesutje sedmih kolon v srednjem delu viadukta. Tovorni promet je bil prekinjen, potniki pa so lahko pot nadaljevali peš ali z vozovi čez dolino, na drugi strani pa jih je ponovno čakal vlak. 13. aprila so v Borovnico vkorakali Italijani in se takoj lotili obnove mostu. Zrušen srednji del so premostili z Roth-Waagnerjevo konstrukcijo in 28. junija je po viaduktu ponovno stekel promet. Kako sta bila ta proga in viadukt pomembna, priča podatek, da je takrat v kraj prišel sam minister za promet Giovanni Host Venturi.
Po kapitulaciji Italije so za Borovnico prišli še hujši časi. Zavezniki so z bombardiranji prekinjali oskrbovalne poti in niso prizanesli niti Borovnici. Nad dolino se je v drugi polovici leta 1944 zvrstilo mnogo letalskih napadov, v katerih je bilo ubitih nekaj domačinov, bombe pa so poleg mostu poškodovale še domove prebivalcev. Promet prek viadukta je bil dokončno prekinjen 27. decembra 1944. Letalski napadi pa so se še nadaljevali. Mostu in domačinom so povzročali še dodatno škodo, ovirali so tudi gradnjo nemške obvozne proge.
5. maja 1945 je nemška vojska zapustila vas. Razstrelila je ostanke jeklene konstrukcije, za miniranje Dolskega in Jelenovega viadukta pa jim je zmanjkalo razstreliva.
