Zrušen sredinski del Borovniškega viadukta so Italijani začeli popravljati takoj po prihodu v vas. Kljub dobremu znanju gradbenikov in inženirjev je bila postavitev jeklene konstrukcije velik izziv, saj so bili zaradi miniranja poškodovani tudi stebri, na katere bi se premostitev naslonila. Niso obupali in 28. junija 1941 je bil viadukt spet prevozen.
27. decembra 1944 dopoldne je Roth-Waagnerjeva konstrukcija klonila in tako se je za vedno končal promet prek Borovniškega viadukta. Napadi nanj in na kotlino pa se kljub temu niso ustavili, saj so bili v njej še vedno okupatorji. Zaradi bombardiranja je bila ovirana gradnja nemške obvozne proge po obronkih kotline.
