Zgodovinski arhiv Ljubljana se je razvil iz Mestnega arhiva ljubljanskega, ki je bil ustanovljen leta 1898.
ZAL je bil prva arhivska ustanova na ozemlju današnje Slovenije, ki je delovala samostojno in ne v okviru muzeja ali knjižnice. Prvi mestni arhivar je postal pesnik Anton Aškerc. Z njegovo zaposlitvijo se je začelo obdobje sistematičnega in kontinuiranega dela z arhivskim gradivom ljubljanskega magistrata.
Od leta 1966 se je območje delovanja mestnega arhiva postopoma širilo na vso osrednjo Slovenijo, vse do Jesenic, Idrije, Novega mesta in Metlike.
Leta 1973 so v organizacijskem smislu nastopile večje spremembe, saj so se iz tedanjega Mestnega arhiva oblikovale štiri organizacijske enote: Enota za Gorenjsko Kranj, Enota za Dolenjsko in Belo krajino Novo mesto, Enota za obljubljansko območje z sedežem v Ljubljani in Enota Mestni arhiv Ljubljana. Ker ime arhiva ni več ustrezalo geografskemu območju in organiziranosti delovanja, se je s 1. oktobrom 1973 Mestni arhiv Ljubljana preimenoval v Zgodovinski arhiv Ljubljana.
Arhiv opravlja delo na sedežu in v dislociranih organizacijskih enotah. Sedež arhiva je v Ljubljani, kjer so tudi strokovne službe in splošna služba. Dislocirane organizacijske enote so območne enote arhiva, ki pokrivajo določeno število upravnih enot, glede na historično delitev ozemlja, ki ga pokriva arhiv. ZAL ima štiri dislocirane organizacijske enote, ki pokrivajo območja naslednjih upravnih enot:
– Enota za Gorenjsko Kranj: upravne enote Jesenice, Kranj, Radovljica, Tržič
– Enota za Dolenjsko in Belo krajino Novo mesto: upravne enote Črnomelj, Metlika, Novo mesto, Trebnje
– Enota v Škofji Loki: Upravna enota Škofja Loka
– Enota v Idriji: Upravna enota Idrija.
Strokovne službe na sedežu arhiva v Ljubljani pokrivajo teritorialno območje upravnih enot: Cerknica, Domžale, Grosuplje, Kamnik, Kočevje, Litija, Ljubljana, Logatec, Ribnica in Vrhnika.
