Cerkev je triladijska in se skozi tri slavoločne loke odpira v tri samostojne prezbiterije – oltarne zaključke. Ladijski del, v tlorisu oblikovan kot kvadrat, je z mogočnimi osemkotnimi slopi razdeljen v širšo glavno in ožji stranski ladji.
Glavna ladja je izrazito višja od stranskih, nima lastne osvetljave v obliki oken in ker cerkev prekriva dvokapna streha, govorimo o psevdobaziliki. V zahodni kot severne ladje so sredi 17. stoletja vzidali zvonik. Cerkev je v celoti ohranila prvotno obokanje in poslikavo.
Obočna rebra vseh obokov so enaka in se v stičiščih dosledno zaključijo s sklepniki. Ohranjenih je 67 sklepnikov, 46 konzol in 8 kapitelov služnikov. Tu je še kvalitetna stavbna plastika iz moravškega peščenjaka: profiliran talni zidec in podstrešni venec, v stavbo vodijo trije šilastoločni portali, v gotsko zašiljenih oknih so slikovita krogovičja in v notranjosti trije masivni slavoloki.
Arhitekturna zasnova, izvedba gradbenih in kamnoseških elementov je delo kamnoseškega mojstra Štefana in njegove delavnice s pomočniki. To dokazuje donatorska freska nad arkado v glavni ladji. Prikazuje mojstra Štefana z družino, ženo in tremi sinovi, klečijo in molijo pred sv. Nežo in sv. Andrejem. Pod družinsko podobo je naslikana napisna tabla, ki sporoča: sliko je dal napraviti mojster Štefan, kamnosek iz svojih sredstev v čast Bogu in sv. Luku leta 1524.
V prezbiteriju je pod fresko Marije pod obočnim rombom delno berljiv napis: … ASTER / STEHFA / STAM … in mojstrski znak. Oba zapisa o kamnoseku dokazujeta, da je celotna cerkev nastala pod taktirko istega mojstra in njegove delavnice.
Poslikava cerkve je usklajena celota. Vsebina fresk je preprosto podana in kaže severno renesančne zglede, ki so k nam prihajali iz avstrijske Koroške in nemških dežel. V ladijskem delu in v treh oltarnih zaključkih so arhitekturni elementi pobarvani v obliki naslikanih blokov. Bloki, kvadri v toplo rjavi barvi, sestavljajo naslikan arhitekturni baldahin. Ta postane ogrodje rajskega vrta, v katerem na obokih zacveti rastlinska ornamentika. Tu se prepletajo in žuborijo pisane vitice z listi, cvetovi in plodovi.
Stene cerkve so bele. Le tu in tam se pojavijo naslikani uokvirjeni prizori. V ladji freska glavnega stavbarja, kamnoseka Štefana z družino in v prezbiteriju donatorski portret naročnika, verjetno glavnega sponzorja cerkve, Janeza Heriča. Vzdolž severne stene prezbiterija poteka niz štirih polj. V njih se zvrstijo stoječi, markantni svetniki z atributi, Marija z detetom na prestolu in sv. Krištof z malim Jezusom.
V srednjem, četrtem polju je donatorska podoba Janeza Heriča skupaj z malo hčerko Katarino. Plemič kleči na lesenem klečalniku, moli obrnjen k glavnemu oltarju v cerkvi in je tako simbolno prisoten pri vseh mašnih daritvah. Spredaj je naslikan njegov grb, na rdečem ščitku srebrna školjka pokrivača, in napisna tabla, ki sporoča: fresko je dal naslikati plemič Janez Herič z Brda v čast Bogu, ljube gospe in vseh svetnikov leta Gospodovega 1522. Samozavestna upodobitev naročnika v oltarnem prostoru v naravni velikosti, tik pod vrsto stoječih svetnikov odseva duh krščanskega humanizma in renesančne samozavesti.
Zdi se, da so upodobljeni svetniki v prezbiteriju skrbno izbrani. Predstavljajo zavetnike ljudi in institucij, ki so bili vpleteni v gradnjo cerkve. Prvi je upodobljen sv. Nikolaj, zavetnik ljubljanske stolnice, stolnega kapitlja, kamor je bila dobska župnija priključena leta 1518, tik pred izgradnjo prapreške cerkve, vendar je njen ordinarij še vedno ostal oglejski patriarh. Zanj je posle takrat opravljal gorenjski arhidiakon, kamniški župnik Erazem Steirer, ki je verjetno s svojimi pomočniki daroval protestantsko mašo v Praprečah. Njegov zavetnik sv. Erazem je upodobljen drugi v vrsti. Tretji je sv. Hieronim, asket, cerkveni učitelj, prevajalec Svetega pisma. Rojen je bil v 4. stoletju v okolici Pivke. Upodobljen je kot kardinal v globoki kontemplaciji s sv. Lukom, katerega evangelij in Apostolska dela je Hieronim prevedel v latinščino.
Peti v vrsti je Janez Krstnik, asket, zavetnik naročnika cerkve Janeza Heriča, ob njem je sv. Andrej, sprva učenec Janeza Krstnika. Sledi vitez Jurij, bojevnik proti zlu in zavetnik Ljubljane. Zadnji v vrsti je sv. Jakob starejši, romar in zavetnik popotnikov. Heriči so imeli v svojem grbu Jakobovo školjko in cerkev je nastala kor romarska ustanova. Ob Mariji na prestolu je sv. Krištof, prav tako zavetnik popotnikov in varuh pred nenadno smrtjo. Njegovo ime nosi takratni ljubljanski škof Ravbar.
Poslikava stranskih oltarnih zaključkov je bila podrejena prvotnim oltarjem. V južnem koru je freska sv. Uršule, zavetnice učiteljev in vzgojiteljev, v severnem je naslikana sv. Katarina Aleksandrijska, zavetnica mladine, znanstvenikov in filozofov. Očitno je plemič Herič svoji hčeri namenil upodobitev njene zavetnice, priprošnjice otrok in mladine.
Poslikava južne ladje je intenzivno bogata. Razlikuje se od preostale poslikave v cerkvi. Na obočna polja v živih barvah so naslikana krogovičja, rastlinje, figure angelov z napisnimi trakovi, simboli štirih evangelistov in Jezusov monogram. Zdi se, da je poslikava južne ladje nastala po spodbudi nekega, do sedaj še neznanega, naročnika, verjetno v čast Mariji ali sv. Uršuli. Uršulo so v tem času posebej častili cistercijani, ki so tudi v Praprečah imeli svojo posest. Žal poslikava južne ladje ni datirana, zagotovo pa je nastala kmalu po letu 1524.
V Praprečah ni zaslediti podpisa slikarja, tako slikar in njegova delavnica ostajata anonimna. Po slogovni analizi pa freske zanesljivo lahko uvrstimo v t.i. slikarsko delavnico Britof pri Kranju-Sp. Prapreče-Lanišče-Sp. Slivnica. Delavnica je delovala na območju tedanje Kranjske v prvi polovici 16. stoletja.
