V duhovnika je bil posvečen kot 23-letni mladenič leta 1837. Kot kaplan je služboval v Gradcu (1838), Lebringu pri Wildonu (1838–1839) ter 20 let v Framu (1839–1859).
Čas, ki ga je preživel v Framu, je bilo njegovo najbolj plodno življenjsko obdobje. Majhna vasica pod Pohorjem, se mu je priljubila predvsem zato, ker je imel tukaj mir pred zunanjim svetom, ki se ga je vedno nekoliko bal. Tu je imel v mirnem okolju idealne pogoje za poglobljeno jezikoslovno delo. Nadaljeval je z učenjem jezikov, študiral indoevropsko jezikoslovje, zbiral ljudske pesmi (v Framu je zapisal nekaj več kot tristo pesmi, ki so se ohranile v njegovi zapuščini in bile objavljene tudi v Slovenskih narodnih pesmih Karla Štreklja) ter gradivo za slovensko-nemški in grško-latinsko-nemško-slovenski slovar, pripravljal slovnico in prevajal. V Framu je pomagal ustanoviti občinsko bolnišnico, šolo, novo cerkev, drevesnico in župno knjižnico (Toš, 2014: 10).
Cafova izredna delavnost in marljivost na jezikoslovnem področju sta pritegnili pozornost različnih strokovnjakov tistega časa (Flegerič, 1903: 278). V Framu so ga redno obiskovali jezikoslovci iz takratne Avstrije, bil je znana in ugledna osebnost v znanstvenem, predvsem jezikoslovnem svetu. Leta 1857 je dobil ponudbo Josefa Pavola Šafarika za profesorsko mesto primerjalnega jezikoslovja na praški univerzi. Toda Caf, takrat star 43 let, se pravi v najboljših letih, je ponudbo odklonil. Če bi jo sprejel, bi lahko bil to zanj začetek obetavne kariere, ki bi njegovo ime nedvomno ponesla v svet. Zakaj je ponudno zavrnil? Ena izmed razlag pravi, da mu ni bilo za velemestno življenje, za neprestane stike z ljudmi, za hrup v javnosti, druga navaja, da ga pri tem niso podpirali lastni rojaki, pri čemer ni povsem jasno, kdo bi nasprotoval njegovi namestitvi (Šrimpf, 1972: 511). Leta 1860 je Caf dobil še eno ponudbo, tokrat iz daljnega Petrograda (Sankt Peterburg). Tamkajšnji vseučiliščni profesor Izmail Sreznjevski ga je v pismu povabil na petrograjsko vseučilišče. Toda Caf je odbil tudi to ponudbo. »Oba dogodka sta več kot značilna za Cafa kot človeka: bil je to zares rahel, občutljiv značaj, ki je podrejal svoje življenje le tihemu, samotnemu delu – brez časti in dostojanstva in brez – denarja« (Šrimpf, 1972: 511).
Naposled je moral oditi iz svojega Frama. Ker je škof Anton Martin Slomšek zelo cenil njegovo teološko znanje, ga je ob prenosu sedeža lavantinske škofije v Maribor povabil v novoustanovljeno bogoslovje, a se je Caf za ta korak, ki je pomenil zanj bistveno manj časa za ukvarjanje z jezikoslovjem, težko odločil. V Mariboru je bil profesor teologije in cerkvenega govorništva ter semeniški podravnatelj (1859–1860). Počutil se je preobremenjenega, ob obisku prijatelja Božidarja Raiča je potožil: »Bratec! Vidiš, koliko dela so mi naprtili, ka se skoro nič ne utegnem klanjati svojim knjigam ljubimkam in toliko milim naukom« (Šrimpf, 1972: 511). Slomšek ni izkazal razumevanja do njegovega ukvarjanja z jezikoslovjem, odsvetoval mu je učenje sanskrta, kar je prizadelo Cafovo občutljivo naravo. Polotil se ga je nemir, v tem mestu ni več videl svoje prihodnosti, prijatelju je potožil, da je njegovo bivanje v Mariboru zanj izgubljeni čas (Flegerič, 1903: 279).
