Cerkev je kot celostna umetnina, romarska ustanova, nastala v zelo kratkem času v obdobju okoli leta 1520 in 1524. Tako sodi med pomembnejše umetnostno-zgodovinske spomenike prve polovice 16. stoletja v Sloveniji.
Prapreška cerkev ima lastnosti velikih sakralnih stavb: črpa iz korenin tradicije triladijskih stavb – psevdobazilik 15. stoletja, z masivnostjo in tektoniko v 16. stoletju utira pot v smer renesančnih teženj in v 17. stoletju postane zgled zgodnje baročnim triladijskim cerkvenim zasnovam brez bazilikalne osvetljave.
Stavbno zgodovino izpričujejo datacije v sami cerkvi. Na oporniku prezbiterija je razbrati domnevno letnico 1519. Z letnico 1522 je datirana donatorska podoba naročnika cerkve Janeza Heriča v prezbiteriju. V tem obdobju so zgradili tri oltarne zaključke, jih obokali, poslikali stene z liki svetnikov in vsa obočna polja z rastlinsko ornamentiko.
Cerkev je bila 20. septembra 1523 prvič posvečena skupaj s tremi oltarji. Gradnja ladijskega dela in posledično njena poslikava se je nekoliko zavlekla in se nadaljevala še po posvetitvi. Z letnico 1524 je datirana votivna podoba kamnoseškega mojstra Štefana nad arkado glavne ladje. Enaka letnica se ponovi na konzoli oboka glavne ladje in datira obokanje ter poslikavo ladijskega dela.
V njeni prostorni notranjščini so se pred oltarji razvijale procesije. Cerkev se omenja tudi leta 1526, junija 1535 pa je bila ponovno posvečena, skupaj še z dvema novima oltarjema.
