V hrib vkopana omanska kostnica stoji južno od cerkve sv. Petra. Je okroglega tlorisa s polkrožno apsido in križno rebrastim obokom na geometričnih konzolah. Posvečena je sv. Mihaelu. Arhitektura je nadstropna rotunda. Zgornji prostor-kapela je obokan s kupolo, ki se opira na križna rebra kvadratnega profila s posnetimi robovi brez sklepnika. V spodnjem prostoru, namenjenenemu za kostnico, je samo eno okence s kotnim vrhom. Stavba je iz prve polovice 13. stoletja in se pojavlja v romanski dobi ob vsaki cerkvi, ki je imela pravico do pokopavanja.
Od ohranjenih kostnic v Sloveniji zavzema ta iz Gorenjega Mokronoga najuglednejše mesto. S kamnoseško obdelanimi rebri, obočnimi konzolami in okenskimi ostenji je kostnica pravi dragulj v svoji vrsti. Rotunda je obokana s sferično kupolo, zloženo v koncentričnih krogih iz lehnjaka, opira pa se na križno potekajoča rebra močnega pravokotnega prereza. Z načinom obokanja in vsemi detajli sodi v »laško skupino« naše poznoromanske arhitekture, in sicer je izdelek delavnice, ki je pred tem postavila prezbiterij v cerkvi sv. Križa na Svibnem. Okrogli karner v Gorenjem Mokronogu je pomemben tudi po tem, da kaže, kako daleč na Dolenjsko je s Koroške in Štajerske segel pojav teh malih romanskih arhitektur.
