Prvo večje naročilo je Vurnikova delavnica dobila iz Kranja. Leta 1852 so v skladu s tedanjim evropskim neogotskim valom želeli župnijsko cerkev očistiti vseh kasnejših renesančnih in baročnih elementov.
Dela Janeza Vurnika starejšega v kranjski cerkvi niso obstala. Naslednjo obnovo pod vodstvom deželnega konservatorja Franceta Steleta so sprožili leta 1934. Zanjo so se odločili zaradi dotrajanosti in neharmoničnosti opreme, v želji, da cerkev dobi spet izvirni srednjeveški videz. Slavni oltar, ki je bil zaradi slabega vzdrževanja v izjemno slabem stanju, celo razjeden od črvov, je nadomestil z novim še en Vurnik – tokrat vnuk, arhitekt Ivan Vurnik, slike je prispevala njegova žena Helena Vurnik, kipe pa France Gorše.
