Aprila 1941 je – tako kot vsi slovenski učitelji na šoli – izgubil službo in začel delati kot nameščenec v pisarni v Trbovljah. Vključil se je v odpor proti okupatorju. Ni bil komunist, bil pa je zaveden Slovenec, kar je razvidno iz izvlečka zaslišanja, katerega sta podala P. F. in M. J. dne, 5. 8. 1942 v zaporu v Trbovljah. Povedala sta, da so se junija 1941 P. F., M. J., F. G. in Emil Hameršak v večernih urah zbrali v Drakslerjevi trgovini pri Hameršakovem svaku Emilu Drakslerju na sestanku o političnem stanju. Emil Hameršak je na tem sestanku izjavil, da se mora slovenski narod združiti, naj bodo to komunisti, klerikalci, Sokoli in da se morajo osvoboditi zatiralcev. Pozval jih je tudi k zbiranju hrane, orožja, denarja ter jih seznanil, da ima zanesljivega človeka v rudniku, ki bi zbrano naprej predajal. Emil Draksler pa je omenil, da se je povezal z okoliškimi kmeti, ki bodo prav tako darovali še več hrane. Te in druge obremenilne izjave P. F. in M. J. na zaslišanju Gestapa, pa so imele kasneje za Emila Hameršaka in Emila Drakslerja zelo hude posledice.
Tudi ženo Olgo je Emil v maju 1941 vključil v organizirano delo pri uporu proti okupatorju. Skupaj sta zbirala hrano, obleko, sanitetni material in dajala ilegalcem prenočišče. Med simpatizerje osvobodilnega gibanja je razpečevala partizansko literaturo in preko njega je bila direktno povezana s partizani. Ob izdajstvu in aretaciji Emila so jo izselili iz stanovanja ter zaplenili premoženje. Preselila se je k očetu, s strani partizanov pa je bila opozorjena, naj se čim prej umakne, ker se pripravlja aretacija. S svojima otokoma je še pravočasno pobegnila k tetam v Graz v Avstrijo. Ko se je 10. 6. 1943 vrnila domov k mami in bolnem očetu, so jo aretirali in skupaj z mamo ter otroci poslali v taborišča Frohleiten, Straubing, Regensburg in Eisenstein. Po izpustitvi iz taborišč so se 21. 5. 1944 vsi vrnili nazaj domov. Zaposlila se je v Kmetijski zadrugi Dol kot trgovska pomočnica in tu delala do konca vojne. Zopet je na skrivaj izdajala živila in razno blago kurirjem za partizane. Po vojni se je zaposlila kot upravnica pošte na Dolu.Emila Drakslerja so poslali na prisilno delo v trgovino v Leoben in Bruck, kjer jim je primanjkovalo kvalificirane delovne sile in so lahko uporabili njegovo znanje v trgovini. Pridružila sta se mu tudi žena Marija in hčerka Breda, ker so jim zaplenili hišo ter vse imetje in nista imele sredstev za preživljanje. Leta 1944 so vsi trije pobegnili v Slovenijo v Brezno k ženini mami. Draksler je poiskal zvezo s partizani in se priključil Zidanškovi brigadi na Pohorju. Imel je srečo in vojno preživel, prav tako njegova družina.
Žal pa je Emila Hameršaka čakala druga usoda. Po izdajstvu in aretaciji 16. 7. 1942 so ga kot naprednega intelektualca nevarnega za nacistični režim dne, 2. 10. 1942 ob 17 uri ustrelili v Mariborskih zaporih. Star je bil komaj 32 let. Obsodbe nad talci so bile izvršene isti dan, ko so jim tudi povedali, da bodo ustreljeni, pred tem pa so jim dovolili, da še napišejo svojcem poslovilno pismo.
Emilu Hameršaku je kot prvoborcu Prezidij Ljudske Skupščine Republike Slovenije, dne 29. 11. 1950 izdal Spomenico 1941, da je za časa Narodno osvobodilne vojne in ljudske revolucije v letih 1941 – 1945 padel kot žrtev fašističnega terorja. Krajani Dola so poimenovali ulico z njegovim imenom, v osnovni šoli, kjer je poučeval, pa so mu postavili spominsko ploščo.
